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红凤菜叶绿体全基因组特征及其序列比较分析
目录
内容简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.2研究目的与任务．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.3国内外研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
1.4论文结构安排．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7
2.1实验材料．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8
2.1.1红凤菜样本来源．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9
2.1.2实验仪器与试剂．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
2.2基因组提取与测序．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
2.2.1样品准备．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
2.2.2基因组提取过程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
2.2.3高通量测序技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
2.3数据处理与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15
2.3.1原始数据清洗．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
2.3.2序列组装．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
2.3.3变异检测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
2.3.4基因预测与注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18
2.4序列比较分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19
2.4.1同源性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
2.4.2系统进化树构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22
2.4.3功能注释与分类群划分．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23
红凤菜叶的基因组特征．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
3.1基因组大小与结构．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25
3.1.1基因组大小测定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26
3.1.2基因组结构分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
3.2重复序列分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
3.2.1串联重复序列．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30
3.2.2拷贝数变异．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
3.3编码基因分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
3.3.1蛋白质编码基因预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34
3.3.2非编码RNA分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35
3.4基因组稳定性评估．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
3.4.1基因组突变频率．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37
3.4.2基因组复制动态．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
红凤菜叶全基因组序列比较分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39
4.1与其他植物的序列比对．．．．．．．．．．．．．．．．．．．
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