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#软件工具#Chilibot——Miningpubmedforrelationship文本挖掘工
具
Peaker
在课题设计初期我们往往需要检索大量文献，从中找到与实验目
标吻合的文本信息，例如想研究一个的功能，我们需要在文献中
先检索和此功能相关的文献研究，进而获得一个对背景知识的
overview。而在高通量预测方法中，从文献中获取信息作为验证也是一
个非常有效的验证。所以开发团队设计开发了很多webserver文
本挖掘的工具，例如polysearch就是其中比较有代表的例子。但是在检
索文献过程中有一个问题始终困扰我们，就是同义词转换的问题。例
如上面说的，一个往往有多个命名原则，在不同数据库中有
不同的ID，在文献中的叫法也很难统一。对于化合物例如药物甚至一
些疾病的名称，则更加复杂，往往同一种化合物或疾病有多重描述方
法。所以只用一个单一检索词很难全面的检索到相关文献信息。
为了解决这个问题，今天为大家介绍一个实现同义词自动转换的
文本挖掘工具——Chilibot。下面我们就来认识一下这款webserver。
工具主页：
首先我们看到主页界面左侧为，包括newsearch,savedresult,log
in,example,download等等。中间是主界面，我们可以看到有多种检索
模式可供选择，例如查询两个term，多个term,甚至两列term之间相
关性的。下面我们逐个介绍数据库提供的检索工具。
Pairewisesearch,colorcodingthenodes
上图为通过pairwisesearch工具为例查询处理后所以影
响的关系网络图。其中包括两个，e和plasticity。图
点的颜色是通过arraydata微阵列表达谱数据标记的，红色代表下
调，绿色代表上调。
Twolistsearch
上图例子为利用twolistsearch工具，在提供多个（与查询区域
相关的表型信息）后，检索到的和小鼠11号相关的。
Twolistssearch,contextrestriction
查询和药物相关的多态性信息。首先通过文本挖掘分析，获
取了27个列表。Chilibo数据库查询到其中10个存在已知的
和药物相关的多态性信息。
Hypothesisgeneration
从一
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