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#数据库工具#Crespress-拟南芥共表达网络构建工具
Joyo
今天做一个客户项目时，偶然发现了这样一个构建拟南芥共表达
网络的工具：Crespress()，现在
给大家。
Crespress,建立与2008，主要目的就是基于大量的拟南芥
数据，分析拟南芥间表达上的相关性，相关性的计算使用的是
linearregression。Crespress所使用的数据均为affy平台的。
对于每个exprement的arryset,它用K-Stest对样本做了筛选。在此，
小编我对它数据预处理的过程有点疑惑。按理说，这种多个experiments
整合分析，属于meta分析的范围了，需要消除实验间的误差。但是
Crespress的文献并没有提该过程统计大神，欢迎交流。另外，
我们在做多的整合分析时，对样本、数据有着一定的要求，如同一
组织等。不同于组，不同组织的转录组水平是存在较大差异的。但
是Crespress却没有细化这些控制条件。
废话不多说，现在就开始它的使用，灰常的简答，只需要六部：
Step1，选择Crespress版本、预处理的算法，以及K-S检验阈值。
Step2，输入你想研究的拟南芥的ID,逗号间隔。
Step3，选择你想研究的组织类型，如根茎叶等。
Step4,选择Crespress中包含的、合适与你研究目的的experiments.
Step5.选着一个pathway-levelcoexpression的阈值。所谓pathway-level
coexpression是指querygenes与其他genes之间的共表达关系。
Step6.输入你的邮箱。因为Crespress运算会很耗时，需要你的
exmail，在运算完成时反馈一个结果URL。
这个工具的操作非常简单、收集的数据也够全。但是小编我
更感的是它的统计学背景，有些问题百思不得其解。欢迎云生信
的统计大神指点。
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