生物芯片及数据分析技术.ppt

杂交测序技术（SBH）可大规模地检测和分析DNA的变异及多态性。突变第31页，共63页，星期日，2025年，2月5日疾病诊断1、用于诊断遗传性疾病例：上海联合基因公司开发了β-地中海性贫血的检测芯片2、用于病原体的检出和确定例：西安联尔公司开发了呼吸道病原体诊断芯片，可检出多种引起呼吸道感染的病原体。3、肿瘤的基因诊断?例：Affymetrix公司，把P53基因全长序列和已知突变的探针集成在芯片上，制成P53基因芯片，将在癌症早期诊断中发挥作用。第32页，共63页，星期日，2025年，2月5日药物筛选利用DNA芯片技术可比较正常组织（细胞）与病变组织（细胞）中大量相关基因表达的变化，从而发现一组疾病相关基因作为药物筛选靶标。应用DNA芯片还可直接筛选特定的基因文库以寻找药物作用的靶点。第33页，共63页，星期日，2025年，2月5日表达谱芯片是DNA芯片中最常用的一种芯片。第34页，共63页，星期日，2025年，2月5日Affymetrix基因表达谱芯片的实验流程第35页，共63页，星期日，2025年，2月5日生物信息学分析——基因芯片读数实际上是扫描后的信号强度，是一种相对值。不同芯片之间要经过以看家基因作为对照的标准化处理才有可比性。常用GAPDH或β-actin基因第36页，共63页，星期日，2025年，2月5日归一化的数据第37页，共63页，星期日，2025年，2月5日1、差异基因的筛选倍数差异FoldChange=SignalA/SignalB（即待比较的两个标准化以后的信号相除所得的值）——常用标准Ratio（0.5，2.0）显著性差异p值：进行统计学t检验，p0.05为显著性差异，p0.01为强显著性差异——生物学重复不少于3个第38页，共63页，星期日，2025年，2月5日每个探针点的Flag值/Call值：表达谱芯片中常用A、P、M来表示该探针点信号与背景信号的差异——A-Absent：无显著性差异P-Present：有显著性差异M-Marginal：差异介于A和P之间——要求比较的两组，至少有一组内不出现A第39页，共63页，星期日，2025年，2月5日火山图（Volcanoplot）散点图（Scatterplot）视图分析第40页，共63页，星期日，2025年，2月5日聚类分析将基因与最相关的表达谱放在一起，分析的基础是总基因组的线性相关。生物系统的有序性质可以保证聚类分析方法会揭示出生物行为的有趣特征。第41页，共63页，星期日，2025年，2月5日GO（GeneOntology）分析——寻找不同样品的差异基因可能和哪些基因功能的改变有关。分类：分子功能（MolecularFunction）生物过程（biologicalprocess）细胞组成（cellularcomponent）常用数据库：DAVID、GATHER、PANTHER等第42页，共63页，星期日，2025年，2月5日表健脾益气法相关差异基因GO分类（DAVID6.7）第43页，共63页，星期日，2025年，2月5日KEGGpathway分析常用数据库：DAVID、BIORAG（BioResourceforArrayGenes）等——包括图解的细胞生化过程如代谢、膜转运、信号传递、细胞周期，及同系保守的子通路等信息第44页，共63页，星期日，2025年，2月5日深入分析：涉及Gq蛋白激活的花生四烯酸-HETEs代谢通路表健脾益气法相关差异基因信号通路分析（DAVID6.7）第45页，共63页，星期日，2025年，2月5日关于生物芯片及数据分析技术第1页，共63页，星期日，2025年，2月5日在20世纪科技史时有两件事是值得大书特书的：（1）微电子芯片，它是计算机和许多家电的心脏，它改变了我们的经济和文化生活，并已进入到每个家庭；（2）DNA芯片，它将改变生命科学的研究方式，革新医学诊断和治疗，极大地提高人口素质和健康水平。——美国《财富》杂志第2页，共63页，星期日，2025年，2月5日人类基因组计划人类基因组计划（humangenomeproject,HGP）是一项国际性科学研究计划，旨在阐明人类基因组30亿个碱基对的序列，从物理和功能角度发现和定位人类基因组基因，破译人类全遗传信息，使人类第一次在分子水平上全面地认识自我。对人类基因组的研究推动了整个生命科学的发展，同时也形成一门崭新的科学——基因组学（genomics），即研究基因组的科