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2025靶向高通量测序在感染性疾病中应用与实践专家共识

靶向高通量测序(tNGS)技术通过设计特异性引物或捕获探针，靶向检测临床标本中的病原体及其耐药基因，为感染性疾病的诊疗、监测提供证据。然而当前tNGS和宏基因组高通量测序(mNGS)临床应用场景不明确，且不同厂家tNGS技术体系差异大，结果良莠不齐，在临床适应证、实验流程、质量控制、性能验证和报告解读等方面缺乏共识和标准。为了更好指导我国tNGS的临床实践，中国医疗保健国际交流促进会临床微生物学分会邀请微生物学、感染病学、呼吸病学、流行病学等领域的专家共同研讨和参与制订《靶向高通量测序在感染性疾病中应用与实践专家共识》。本指南系统归纳了国内外tNGS在感染性疾病中的研究，提出符合我国临床实践的推荐意见，主要内容包括：共识制订过程、临床适应证、技术要点、湿实验与干实验、报告发放与解读和报告模板，以期规范tNGS在感染性疾病中的应用和实践。

高通量测序(NGS)技术为临床感染性疾病提供了高通量检测技术手段，主要包括宏基因组高通量测序(mNGS)、靶向高通量测序(tNGS)和全基因组测序(WGS)。tNGS和mNGS通量高，可一次性检测百种以上病

原[1,2,3]。两者不同之处在于，mNGS为鸟枪法测序，无需预

设待检病原，但易受人源背景干扰。而tNGS通过特异性引物扩增或者杂交捕获的方式靶向富集目标病原体或基因，测序量仅为mNGS百分之一，成本低且同一流程可检测DNA和RNA病原。

tNGS应用于感染性疾病诊断的临床适应证

目前，tNGS可用于如下3类场景：感染性疾病病原体检测、耐药基因检测、公共卫生流行病学病原监测。

病原诊断适应证

共识1:tNGS的应用场景应与mNGS有所区别和侧重。对于非重症患者，传统微生物学检测阴性时，考虑送检tNGS;病情危重或新发突发传染病时，考虑送检mNGS。

对于有创手段获得的标本，tNGS可作为补充手段，提高病原诊断阳性率。此外，临床高度怀疑感染而传统方法难以获得病原学证据时，或已有病原证据疗效不佳疑似发生混合感染或继发其他感染时，可选用tNGS作补充方法(图1)。tNGS相比PCR方法靶标范围更广[9]。肺部感染的患者中，tNGS相比传统检测方法具有更高的阳性率(96.7%比36.8%)

[10]

共识2:针对不同的感染部位，建议覆盖相应病原谱的tNGS,比如肺部感染组套、中枢神经系统感染组套等。靶向病原谱应包括该症候群难培养、罕见的病原，不宜纳入该部位无临床意义的微生物。

共识3:tNGS结果阴性而临床仍高度怀疑感染时，考虑送检mNGS。

tNGS相比mNGS,检测靶标覆盖范围有限，且其检测性能受到引物和探针特异性、扩增和捕获效率的影响。目前各厂家tNGS性能良莠不齐。临床医师要充分了解每家产品的靶标覆盖、检测性能等。tNGS阴性，可能是由于靶标不够或性能不佳。

共识4:建议根据临床需求和医疗花费选择不同tNGS方法。多重PCR扩增tNGS方法靶标少，花费较低，而探针捕获tNGS方法覆盖病原谱广，花费较高。

共识5:临床高度怀疑结核分枝杆菌感染或抗酸染色阳性需鉴别非结核分枝杆菌(NTM)感染时，考虑选用包括结核分枝杆菌复合群及致病性NTM的tNGS。

在鉴别诊断方面，利用tNGS方法及时鉴别结核与其他病原体感染，对于结核病患者的早期发现和分诊具有重要的临床和流行病学意义[14]。tNGS有助于从(亚)种或复合群水平区分结核分枝杆菌和NTM。

微生物耐药适应证

mNGS常规数据量对耐药基因检测存在局限性，随机测序的方案仅在高浓度时可稳定检出耐药基因，尤其对于水解酶等耐药机制，mNGS的读长和测序深度难以分析亚型，因此不建议mNGS常规用于耐药基因检测。而

tNGS检测的靶标相对确定，可将水解酶亚型特定区段作为富集靶标，且相比mNGS的耐药基因检测限更低。使用临床标本进行tNGS耐药基因检测能获得相对更可靠的耐药结果。

共识6:结核分枝杆菌培养和药敏试验时间长，建议tNGS用于呼吸道标本的结核分枝杆菌鉴定、耐药基因及其突变位点的检测。

2024年，WHO推荐tNGS用于结核分枝杆菌分子药敏检测[16]。经细菌学确诊的肺结核患者，可在呼吸道标本(痰液、BALF等)中使用tNGS技术检测利福平、异烟肼、乙胺丁醇、吡嗪酰胺和氟喹诺酮类的耐药性；相关药