序列分析软件DNAMAN的使用.pptVIP

将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis命令打开对话框，参数说明如下：Results分析结果显示其中包括：Showsummary（显示概要）Showsitesonsequence（在结果中显示酶切位点）Drawrestrictionmap（显示限制性酶切图）Drawrestrictionpattern（显示限制性酶切模式图）3．DNA序列的限制性酶切位点分析allDNAinSequenceChannel（选择此项，在SequenceChannel中的所有序列将被分析，如果选择了Drawrestrictionpattern，那么当所有的channel中共有两条DNA时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA时，则只能用一个酶分析。）06Circular（环型DNA），04Ignoreenzymeswithmorethan（忽略大于某设定值的酶切位点）01TargetDNA（目标DNA特性）03dam/dcmmethylation（dam/dcm甲基化）05Ignoreenzymeswithlessthan（忽略小于某设定值的酶切位点）02选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列对话框：参数说明如下：Enzyme代表（enzymedatafile），点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，restrict.enz和dnamane.enz，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。其中restrict.enz数据文件包含180种限制酶，dnamane.enz数据文件包含2524种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如puc18multiplecloningsites），然后点击按钮出现下列对话框：输入要保存酶列表的文件名，点击按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。Cutter酶切识别序列长度；End酶切产生的末端，其中包括，Blunt（平头末端），5’Overhang（5’突出粘性末端）,3’Overhang(3’突出粘性末端)，系统根据cutter和end的设定情况,在左边酶列表中显示符合条件的酶。最后，点击按钮执行操作。DNA序列比对分析（DotMatrixComparision）要比较两个序列，可以使用DNAMAN提供的序列比对工具DotMatrixComparision（点矩阵比较）通过Sequense/Dotmatrixcomparision命令打开比对界面，点击对比界面左上角的按钮，出现下列对话框：参数说明如下：Sequencetype序列类型Sequence1参加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下：如果要比对的序列在Channel中，点击下拉箭头，选择相应的Channel，则被选中的Channel中的序列作为参加比对的第一序列；也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在File选择框上点击即可。通过Length选择参加比对的序列片段。Sequence2参加比对的第二序列选择框；选项说明同上ShowSequence选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同源性；Mismatch代表Mismatchsize（单位比对长度中许可的错配值）要快速比对，需将此项设为0。Annotations是否显示注释其中Window代表Windowsize（单位比对长度），Comparision比对参数，Sequence2正链与Sequence1比较结果用黑色点表示，Sequence2负链比对结果用红色点表示。Bothstran代表Bothstrand（双链比对）选择此项，是指用Sequence2中的序列的正链和负链分别和Sequence1比较。01Plotbox点阵图表显示参数，02Position（起点坐标）03Width（宽度值）04Height（高度值）05Framesize（边框线粗度值）06Dotsize（点粗度值）07Gridline（虚线框数）。08参数设定好后，点击按钮执行操作。（1）两序列同源性分析通过Sequence/TwoSequenceAlignment命令打开对话框，如下所示：参数说明