《构建RNA模型》课件.pptVIP

*****模型评估评估指标使用合适的评估指标来评估预测模型的质量，例如RMSD、GDT-TS、TM-score等。交叉验证使用交叉验证方法来评估模型的泛化能力。可视化与分析可视化软件使用专业的可视化软件来显示和分析预测结果，例如PyMOL、Chimera、VMD等。结构分析对预测的结构进行分析，例如测量距离、角度、体积等。功能推测根据结构信息推测RNA的功能。未来发展方向人工智能人工智能技术的进一步发展将推动RNA模型构建方法的进步，例如，开发新的深度学习模型来预测RNA结构。实验验证加强实验验证，验证预测模型的准确性，并进一步改进模型。应用领域扩展RNA模型构建的应用领域，例如，在药物设计、基因治疗等领域发挥更大的作用。*****************************RNAfoldRNAfold基于自由能最小化原理，通过计算不同二级结构的自由能，预测最稳定的二级结构。RNAfold广泛用于RNA的二级结构预测，并被整合到许多生物信息学软件包中。RNAstructure1动态规划RNAstructure采用动态规划算法，将RNA序列划分为子序列，并计算每个子序列的最佳二级结构。2自由能最小化RNAstructure通过最小化自由能来预测RNA的最稳定二级结构。RNA三维结构预测二级结构三维结构预测通常需要从RNA的二级结构开始。模拟然后使用计算机模拟技术来预测RNA的三维结构。评估最后，需要评估预测的RNA三维结构的质量。三维结构预测的挑战灵活性RNA分子具有高度的灵活性，使其结构预测更加困难。复杂性RNA的三维结构非常复杂，包含多种二级结构和三级结构。计算量预测RNA的三维结构需要大量的计算资源。常用三维结构预测软件I-TASSERI-TASSER是一种基于模板的蛋白质和RNA结构预测软件，它可以根据已知的结构预测未知蛋白质或RNA的三维结构。RosettaRosetta是一种基于能量的结构预测软件，它可以预测蛋白质和RNA的三维结构。MODELLERMODELLER是一种基于同源建模的结构预测软件，它可以根据已知的结构预测具有相似序列的蛋白质或RNA的三维结构。I-TASSER输入序列I-TASSER接受蛋白质或RNA的氨基酸序列作为输入。预测结果I-TASSER预测蛋白质或RNA的多种可能的结构，并提供每个结构的置信度评分。RosettaRosetta采用一种基于能量的优化方法，它通过最小化蛋白质或RNA的能量来预测最稳定的三维结构。Rosetta广泛应用于蛋白质和RNA的结构预测，并被整合到许多生物信息学软件包中。MODELLER1同源建模MODELLER采用同源建模方法，利用已知结构的模板来预测具有相似序列的蛋白质或RNA的三维结构。2结构优化MODELLER可以对预测的结构进行优化，以提高其准确性。三维模型评估方法RMSDRMSD(RootMeanSquareDeviation)是用来评估两个结构之间差异的指标，它度量了两个结构中所有对应原子之间的平均距离。GDT-TSGDT-TS(GlobalDistanceTest-TotalScore)是一个用来评估蛋白质结构预测质量的指标，它根据预测的结构和真实结构之间的距离来评分。TM-scoreTM-score是一个用来评估两个结构之间相似性的指标，它考虑了结构的整体形状和大小。RMSD原子坐标RMSD计算需要两个结构的原子坐标。距离计算计算两个结构中所有对应原子之间的距离。平均值计算所有距离的平方和的平均值，然后开方。GDT-TS1距离阈值GDT-TS使用不同的距离阈值来计算预测结构和真实结构之间的匹配程度。2匹配原子根据距离阈值，统计预测结构和真实结构中匹配的原子数量。3总分GDT-TS的总分为不同距离阈值下匹配原子数量的加权平均值。TM-score1整体相似性TM-score考虑了结构的整体形状和大小，而不是仅仅关注局部相似性。2缩放因子TM-score使用一个缩放因子来考虑结构的大小差异。3相似性评分TM-score的值在0到1之间，数值越大，表示两个结构越相似。人工智能在RNA建模中的应用1AlphaFold2AlphaFold2是一个基于深度学习的蛋白质结构预测软件，它可以预测蛋白质的三维结构，并已被证明可以预测RN