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基因组学 4.第3章基因组物理图谱构建学习资料 .pdf

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3.1限制性酶切作图

3.2基于克隆的基因组作图

3.3荧光标记原位杂交作图

3.4序列标签位点(STS)作图

3.5人类基因组图谱

物理作图:采用分子生物学技术直接将DNA分子

标记、基因或克隆标定在基因组的实

际位置

绘制物理图的方法

限制性作图(Restrictionmapping)

克隆重叠群(Clone-basedmapping)

荧光标记原位杂交(Florescentinsitu

hybridization,FISH)

序列标签位点作图(sequencetaggedsite,

STS)

基因组光学图谱技术

限制性作图(Restrictionmapping):将限

制性酶切位点标定在DNA分子的相对位置

原理:比较不同限制酶切产生的DNA片段的大小。

第一种酶切:电泳确定DNA片段的大小,第一组片段

第二种酶切:电泳确定DNA片段的大小,第二组片段

两种酶混合酶切:第三组片段

利用加减法确定酶切位点的相对位置。

5

小于50kb的DNA片段,常采用6碱基识别顺序

的限制酶

大于50kb的DNA片段:稀有切点的限制酶

稀有切点的限制酶的选用:

1识别序列越长则产生的片段越长

2识别位点的碱基组成

3通过转座子引入较长的识别位点

4基因组DNA的甲基化状态

大片段的

交变电场

电泳分离

原理:一个方向不断变换的电场取代简单的电场,

使电泳中受阻的DNA分子在电场改变时扭转迁移

方向,达到分离的目的

大肠杆菌基因组物理图

E.coli基因

组NotI限制

性酶切位点

物理图

大片段DNA文库的构建

克隆重叠群的组建

指纹作图

大片段基因组文库的构建

基因组DNA的分离克隆载体的制备

基因组片段与

载体的连接

连接产物在受体细

胞的转化和增殖

重组子的筛选、

鉴定和保存

11

大片段克隆载体

P1

YAC(YeastArtificialChromosome)

BAC(BacterialArtificialChromosome)

MAC(MammalianArtificialChromosome)

PAC(P1-derivedArtificialChromosome)

BIBAC(Binary-BAC)

TAC(Transformation-competentartificialchromosome)

酵母人工染色体(YAC)载体

1983年Murray等人将酵母菌着丝点、复制原点、

端粒组装在一个载体上,构建了第一个酵母人工

染色体。

1987年Burke等构建了一个YAC载体,将人的

DNA大片段插入YAC。

YAC载体插入片段大(理论上大于10

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