基因组学 4.第3章基因组物理图谱构建学习资料 .pdf

3.1限制性酶切作图

3.2基于克隆的基因组作图

3.3荧光标记原位杂交作图

3.4序列标签位点（STS）作图

3.5人类基因组图谱

物理作图：采用分子生物学技术直接将DNA分子

标记、基因或克隆标定在基因组的实

际位置

绘制物理图的方法

限制性作图（Restrictionmapping）

克隆重叠群（Clone-basedmapping）

荧光标记原位杂交（Florescentinsitu

hybridization,FISH）

序列标签位点作图（sequencetaggedsite,

STS）

基因组光学图谱技术

限制性作图（Restrictionmapping）：将限

制性酶切位点标定在DNA分子的相对位置

原理：比较不同限制酶切产生的DNA片段的大小。

第一种酶切：电泳确定DNA片段的大小，第一组片段

第二种酶切：电泳确定DNA片段的大小，第二组片段

两种酶混合酶切：第三组片段

利用加减法确定酶切位点的相对位置。

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小于50kb的DNA片段，常采用6碱基识别顺序

的限制酶

大于50kb的DNA片段：稀有切点的限制酶

稀有切点的限制酶的选用：

1识别序列越长则产生的片段越长

2识别位点的碱基组成

3通过转座子引入较长的识别位点

4基因组DNA的甲基化状态

大片段的

交变电场

电泳分离

原理：一个方向不断变换的电场取代简单的电场，

使电泳中受阻的DNA分子在电场改变时扭转迁移

方向，达到分离的目的

大肠杆菌基因组物理图

E.coli基因

组NotI限制

性酶切位点

物理图

大片段DNA文库的构建

克隆重叠群的组建

指纹作图

大片段基因组文库的构建

基因组DNA的分离克隆载体的制备

基因组片段与

载体的连接

连接产物在受体细

胞的转化和增殖

重组子的筛选、

鉴定和保存

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大片段克隆载体

P1

YAC（YeastArtificialChromosome）

BAC（BacterialArtificialChromosome）

MAC（MammalianArtificialChromosome）

PAC（P1-derivedArtificialChromosome）

BIBAC（Binary-BAC）

TAC（Transformation-competentartificialchromosome）

酵母人工染色体（YAC）载体

1983年Murray等人将酵母菌着丝点、复制原点、

端粒组装在一个载体上，构建了第一个酵母人工

染色体。

1987年Burke等构建了一个YAC载体，将人的

DNA大片段插入YAC。

YAC载体插入片段大（理论上大于10