《基于聚合酶基因序列的HIV-1耐药突变分析技术规范（征求意见稿）》标准文本.docx

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基于聚合酶基因序列的HIV-1耐药突变分析技术规范

1范围

本文件规定了基于聚合酶基因序列的人免疫缺陷病毒1型基因型耐药检测的技术要求，包括样本、核酸提取、基因扩增、序列测定、耐药分析、结果解释、质量控制以及生物安全的要求。

本文件适用于全国各级各类开展基于聚合酶基因序列的人免疫缺陷病毒1型基因型耐药检测的实验室。

2规范性引用文件

下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注日期的引用文件，仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。

GB19489实验室生物安全通用要求

GB/T30989高通量基因测序技术规程

GB/T34265Sanger法测序技术指南

WS293艾滋病和艾滋病病毒感染诊断

3术语和定义

下列术语和定义适用于本文件。

3.1

人免疫缺陷病毒humanimmunodeficiencyvirus，HIV

导致艾滋病的病原体。

[来源：WS293-2019，2.1]

3.2

HIV耐药HIVdrugresistance

是HIV对抗病毒药物的敏感性降低或消失，导致药物疗效明显下降或失效的现象。

3.3

HIV耐药基因突变HIVdrugresistancemutation

是导致HIV对药物敏感性降低或消失的基因突变。

3.4

聚合酶基因polymerasegene

是HIV-1基因组中编码蛋白酶、逆转录酶和整合酶的基因区,简称pol基因区。

3.5

基因型耐药检测genotypicdrugresistancetest

通过分析HIV-1基因序列，确定其中是否存在导致耐药的基因突变。

3.6

逆转录聚合酶链反应reversetranscription-polymerasechainreaction;RT-PCR

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一种分子生物学技术，以RNA为模板逆转录合成DNA，再进行PCR，以扩增特定的基因片段。3.7

密码子codon

是存在于信使RNA(mRNA)中的三个连续的核苷酸顺序，是特定氨基酸的编码单位。

3.8

Sanger法测序Sangersequencing

又称双脱氧链末端终止法测序，是一种DNA测序方法，通过在DNA聚合反应中引入荧光标记的四种双脱氧核苷酸（ddNTP），导致延伸的DNA链被阻断，产生以不同ddNTP结束的四组不同长度的DNA链，电泳分离并测定DNA链末端ddNTP的荧光信号，实现对碱基序列的测定。

3.9

高通量基因测序high-throughputgenesequencing

区别于Sanger测序,能够一次并行对大量核酸分子进行平行序列测定的技术,通常一次测序反应能产出不低于100Mb的测序数据。

[来源:GB/T30989-2014术语和定义3.19]

3.10

质量控制qualitycontrol

为确保检测过程符合规定的质量要求而采取的一系列措施和活动。

3.11

质量评价qualityassessment

对检测过程的质量进行评估，以判断其是否满足预期的质量标准或要求。

3.12

质控品qualitycontrolmaterial

用于质量控制的标准物质或样品，通常具有已知的特性或含量，用于验证实验结果的准确性和可靠性。

3.13

模糊碱基Ambiguitybase

指基因序列中某个位点的碱基无法确定，可能是多个碱基中的一种。

3.14

混合碱基mixedbase

指基因序列中某个位点同时存在两个或以上不同碱基。

3.15

质量分数qualityscores

是序列的质量评估值，表示测序过程中每个碱基的可信度，用于判断测序数据的准确性和可靠性。

3.16

Q30

指测序数据中,对质量值为30的碱基识别准确率为99.9%,或错误率为0.1%。

[来源：GB/T40226-2021术语和定义3.6]

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3.17

病毒载量viralload

血浆（清）中HIV-1RNA的数量，一般用每毫升血浆（清）中HIV-1RNA的拷贝数或国际单位来表示（copies/m1或IUs/ml）。

4缩略语

下列缩略语适用于本文件。

HIV-1：人免疫缺陷病毒1型（humanimmunodeficiencyvirustype1）

PCR：聚合酶链式反应（polymerasechainreaction）

RT-PCR:逆