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分析与检测

DOI:10.13995/j.cnki.11-1802/ts.038145

引用格式:赵璐,董蕾,喻勇新,等.扩增子测序技术在牡蛎GⅡ型诺如病毒基因多样性研究中的评估[J].食品与发酵工业,2024,

50(16):299-305.ZHAOLu,DONGLei,YUYongxin,etal.EvaluationofgeneticdiversityofGⅡnorovirusesinoysterby

ampliconsequencingtechnology[J].FoodandFermentationIndustries,2024,50(16):299-305.

扩增子测序技术在牡蛎GⅡ型诺如病毒基因多样性研究中的评估

111,2∗31,2,4∗

赵璐,董蕾,喻勇新,靳淼,王永杰

1(上海海洋大学食品学院,上海,201306)2(农业农村部水产品质量安全贮藏保鲜风险评估实验室(上海),上海,201306)

3(中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所,北京,100000)

4(青岛海洋科学与技术试点国家实验室,海洋生物学与生物技术功能实验室,山东青岛,266237)

摘要牡蛎中诺如病毒基因多样的研究对病毒的流行传播和疫情防控具有十分重要的意义,二代测序技术

(nextgenerationsequencing,NGS)的扩增子测序具有高通量、高准确性等优势,被广泛应用于基因组学、转录组学

和表观基因组学等领域。为评估扩增子测序技术对牡蛎中诺如病毒多样性研究的可行性,采用经典的巢式反转

录PCR(reversetranscription-PCR,RT-PCR)方法对人为污染诺如病毒的牡蛎样品进行检测并将产物进行扩增子

测序,对病毒基因型覆盖度和灵敏度进行分析。结果显示,在覆盖度方面,扩增子测序技术能够检测出人为添加

到牡蛎中的6种GⅡ型诺如病毒,覆盖率达到100%;在灵敏度方面,对人为污染有不同数量诺如病毒的牡蛎进

行检测及测序分析,证实扩增子测序的灵敏性较高,低于50个病毒粒子也能检测出。综上,扩增子测序技术提

高了牡蛎中诺如病毒检测的准确性以及基因型的丰富度。

关键词诺如病毒;贝类;扩增子测序;引物评估;多样性

诺如病毒(norovirus,NoV)是一类重要的食源性揭示其遗传特征和传播规律,为疫情的预防和控制提

[4]

病毒,是引起人类胃肠道疾病的主要病原体之一,属供科学依据。

于杯状病毒科(Calicivividae)诺如病毒属(Norovir-目前,诺如病毒多样性的研究方法主要包括:传

us),其基因组由一条单链正义RNA组成,具有高度统的克隆测序技术和高通量测序技术。传统的克隆

[1]

的多样性和变异性。目前可以根据该病毒RNA依测序技术主要是通过反转录PCR(reversetranscrip-

赖的RNA聚合酶(RNA-dependentRNApolymerase,tion-PCR,RT-PCR)扩增、测序和序列比对,可以确定

RdRp)的核酸序列和衣壳蛋白(capsid)氨基酸序列诺如病毒的基因型和亚型。然而,这种方法通常只能

的不同,将其分为GⅠ~GⅩ等10个基因类群(geno-对有限的克隆子进行测序,往往会低估诺如病毒的基

group),其中GⅠ、GⅡ、GⅣ、GⅧ、GⅨ等可以感染人因型多样性[5-