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金定鸭与台湾褐色菜鸭遗传差异的全基因组选择信号分析及其影响机制研究

目录

研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1鸭种遗传多样性概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.2金定鸭与台湾褐色菜鸭的遗传特性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.3全基因组选择在鸭种改良中的应用前景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

研究方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

2.1研究材料．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

2.1.1金定鸭和台湾褐色菜鸭的样本收集．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

2.1.2样本质量评估．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

2.2全基因组测序与数据预处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

2.2.1测序平台与测序策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

2.2.2数据质量评估与过滤．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

2.3全基因组选择信号分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

2.3.1选择信号检测方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

2.3.2选择信号特征分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

遗传差异分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

3.1遗传结构分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

3.1.1Kmeans聚类分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

3.1.2主成分分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

3.2系统发育分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

3.2.1分子系统发育树构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

3.2.2分子进化分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

3.3基因表达差异分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30

3.3.1基因表达数据获取．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

3.3.2差异基因识别与功能注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32

选择信号影响机制研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

4.1选择信号与表观遗传学．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35

4.1.1DNA甲基化分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36

4.1.2染色质可及性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37

4.2选择信号与基因调控网络．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39

4.2.1调控网络构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41

4.2.2调控网络功能注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42

4.3选择信号与生长发育．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43

4.3.1生长发育相关基因筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44

4.3.2生长发育表型分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．46

结果与讨论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．48

5.1金定鸭与台湾褐色菜鸭遗传差异分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．50

5.1.1遗传结构差异．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．51

5.1.2系统发育差异．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．