蛋白质序列数据库.pptVIP

第7章蛋白质序列数据库一、常用的蛋白质数据库SWISS-PROTTrEMBLPIR-PSDUniPro1SWISS-PROT由瑞士日内瓦大学医学生化系于1978年创建，后来与欧洲分子生物学实验室合作，由瑞士生物信息学研究所（SwissInstituteofBioinformatics，SIB）和欧洲生物信息学研究所（EBI）共同维护和管理。UniProtKB/Swiss-Protproteinknowledgebaserelease55.1statisticsUniProtKB/TrEMBLPROTEINDATABASERELEASE38.1STATISTICSSearchbycitationSWISS-PROT的特点b.每个条目包含条目基本信息、分类信息（描述蛋白质的生物来源）、引用文献信息、注释、蛋白质序列等(如：Acetyltransferase)。3Dstructurec.蛋白质注释包括蛋白质的功能、翻译后修饰（如糖基化和磷酸化）、结构域和结合位点、二级结构（如α-螺旋和β-片层）、四级结构（如同聚体和异聚体）、与其它蛋白质序列的相似性、蛋白质序列残缺与疾病的关系、序列冲突和变异体等信息。d.SWISS-PROT中尽可能减少冗余序列e.与其它30多个数据库建立了交叉引用，其中包括核酸序列数据库、蛋白质序列数据库和蛋白质结构数据库等。f.利用序列检索系统（SRS）可以方便地检索SWISS-PROT和其它EBI的数据库。2TrEMBLTrEMBL数据库建于1995年，意为“TranslationfromEMBL”。该数据库采用SwissPro数据库格式，其数据来源于:EMBL核酸序列数据库（或GenBank、DDBJ）中所有编码序列经计算机程序自动翻译的蛋白质从文献中查到的或向SWISS-PROT递交的并未整合到SWISS-PROT的蛋白质序列TrEMBL数据库分两部分:SP-TrEMBL和REM-TrEMBLSP-TrEMBL中的条目将最终被归并到SwissProt数据库中;Rem-TrEMBL包含目前不打算并入SWISS-PROT的蛋白质序列包括免疫球蛋白、T细胞受体、人工设计合成蛋白质序列、小肽、专利序列、假基因和截断了的蛋白质等。3PIR-PSD蛋白质信息资源－国际蛋白质序列数据库（theProteinInformationResource-InternationalProteinSequenceDatabase，PIR-PSD由蛋白质信息资源（PIR）、慕尼黑蛋白质序列信息中心（MIPS）和日本国际蛋白质序列数据库（JIPID）共同维护，PIR是最早的数据库，现已并入UniProtKnowledgebase是一个全面的、非冗余的、经过专家注释的公共蛋白质序列数据库。PIR-PSD收集已发表的蛋白质序列、来源、参考文献和特征信息等，她的注释中还包括一些原始递交记录中没有的相关信息，如在遗传图谱的位置、内含子位置、以及和其他序列、结构、基因组和引文数据库（如Medline、PDB和TIGR等）的相互参照PIR-PSD的另一个重要特征是其对蛋白质超家族的分类，提供序列的等级聚类信息，揭示序列间的进化关系。4UniPro蛋白质信息资源（PIR）、欧洲生物信息学研究所（EBI）和瑞士生物信息学研究所（SIB）合作，于2002年共同组建世界蛋白质资源（theUniversalProteinResource，UniPro）。UniPro把Swiss-Prot、TrEMBL和PIR等蛋白质数据库整合在一起，是目前国际上最全面的蛋白质信息库。综上所述，蛋白质序列数据库种类多且各有特色，因此，用户在分析蛋白质序列时，应根据实际情况，尽可能选择几个不同的数据库，并对结果加以比较。TheUniversalProteinResource(UniProt)Providesacentralresourceonproteinsequencesandfunctionalannotationwiththreedatabasecomponents,eachaddressingakeyneedinproteinbioinformatics.TheUniProtKnowledgebase(UniProtKB),comprisingthemanually