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转录组测序揭示高海拔牦牛心脏免疫细胞功能研究

目录

转录组测序揭示高海拔牦牛心脏免疫细胞功能研究（1）．．．．．．．．．．3

一、内容概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.2研究目的与内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.3研究方法与技术路线．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

二、材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

2.1样本采集与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

2.2转录组测序实验设计与实施．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

2.3数据分析与处理策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

三、高海拔牦牛心脏免疫细胞特征分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

3.1免疫细胞类型识别．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

3.2免疫细胞发育与分化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

3.3免疫细胞功能标记物筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

四、转录组数据挖掘与功能注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

4.1基因表达谱分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

4.2功能富集分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

4.3基因调控网络构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

五、高海拔牦牛心脏免疫细胞功能机制探讨．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

5.1免疫细胞间相互作用机制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

5.2免疫应答与信号传导途径．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

5.3特定环境因素对免疫细胞功能的影响．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

六、结论与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

6.1主要研究结论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

6.2研究不足与局限．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

6.3未来研究方向与应用前景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

转录组测序揭示高海拔牦牛心脏免疫细胞功能研究（2）．．．．．．．．．30

内容简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30

1.1高海拔环境对牦牛心脏的影响．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30

1.2免疫细胞在心脏保护中的作用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

1.3转录组测序技术在研究免疫细胞功能中的应用．．．．．．．．．．．．．．32

研究材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34

2.1牦牛心脏组织样本采集．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35

2.2免疫细胞分离与鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36

2.3转录组测序及数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37

2.3.1基质制备与文库构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38

2.3.2测序平台选择与测序．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39

2.3.3生物信息学分析流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40

转录组测序结果分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41

3.1高海拔牦牛心脏免疫细胞转录组差异表达基因．．．．．．．．．．．．．．43

3.2功能注释与富集分析．．．．．．．．．．．．．