基因组序列分析实例.pptVIP

蛋白组学课件吴晓龙讲述内容BioEditBioEdit是一个生物序列编辑器，可在Windows中运行，它的基本功能是提供蛋白质、核酸序列的编辑、排列、处理和分析。BioEdit并不打算成为一个强序列分析程序，但是打算成为一个序列分析的友好用户界面，并连接其他在局域网和万维网上的更多的序列分析程序。一、BioEditBioEdit功能BioEdit的主要目的是，为那些不愿意被迫详细了解一个程序的使用方法的生物学家，提供一个有用的工具。BioEdit是直观的、菜单式的并有大量的图示，提供用户一个外部分析程序的图形界面。主要功能是提供明显的、容易使用的菜单选项。BioEdit想要成为一个处理个别简单序列的多用途界面，带有适合于自动化多重排列选项的综合序列排列，最佳成对排列，并且着重于使手工排列更容。易随着时间的推移增加了一些附件的功能（质粒绘图、限制性内切酶图谱、ABI和SCF查阅、RNA比较分析和其他功能中的图式注解）。A然而，常用的查找功能、特殊化分析，如蛋白质二级结构三级结构的预测、RNA结构的热动力学预测、排列性质的统计学分析序、列模式的概率或神经网络模型、排列和结构的预测，不包括在这个程序之内。B已知问题和局限性功能一、序列编辑和处理01打开单序列02打开多序列03新建序列打开序列如果你不喜欢现在的样子不要当心，字体、大小、背景颜色、残基颜色和标题窗口宽度都可以改变。1鼠标箭头右下方的黄色条幅显示的是当前序列的绝对位置。这同样显示在控制栏的Position标题。2选择关闭黄色条幅就进入View-showsequencepositionbymousearrow。3BioEdit排列文档窗口手工排序功能在编辑窗口有三个可应用的基本模式：Select/Slidemode选择/调整模式Editmode编辑模式：插入和改写GrabDragmode(抓取/拖动模式):从屏幕上动态的抓取和拖动单个残基选项可在Sequence-EditMode中找到工具条/加速按钮在编辑盒中编辑为一个序列开启一个编辑窗口,双击序列的标题,或选中序列并从Sequence菜单中选择EditSequence。为了使改变生效必须按下Apply或ApplyandClose按钮。取消将不会改变序列。在一个序列第一次编辑时，将会出现下面的窗口。如果一个序列是未知的，蛋白质色彩表通常是彩色的，就像一个已经经过类似性底纹处理的蛋白质序列。可以保留一个关于排列的每一行的屏幕信息的注解，但是不能计算类似性和同一性，不服从标准的处理，如翻译、互补、自动排列等。GenBank信息将只能用GenBank或BioEdit格式保存。GenBank信息包括功能部件领域是内部独立于用户定义的图示注解注意Edit菜单选择序列:单序列连续的多序列间隔的多序列——Ctrl+点击移动序列：想移动一个序列(或一些序列)，选中它(用鼠标左键点击它的标题使其变亮)，把它拖放到你想要的位置。增加序列：CutEdit菜单选择Cut或CutSequence(s)Edit菜单选择Copy或CopySequence(s)CopyCut、Copy、Paste1BasicManipulations/SequenceMenu基本处理、序列菜单2Masks屏蔽：在BioEdit中Masks（屏蔽）在这一点上有一点薄弱，主要用于RNA比较分析功能。关于在BioEdit中如果使用屏蔽看Masks。3Gaps注意:～和.表示开启的缺口,表示锁定的缺口.Sequence菜单NewSequence新序列:创造新序列,开启一个单一序列编辑器.SelectPositions选择位置:开启一个对话框，允许在所有选中的序列中选择具体位置.Rename重命名：根据子菜单选项重命名序列标题。EditSequence编辑序列:在单一序列编辑器中开启首次选择的序列(或双击序列名)。Openatcursorposition在光标处打开：如果文档处于编辑状态，光标同时出现，这个选项将在单一序列编辑器中打开光标当前所在位置的序列。12345Pairwisealignment二、质粒绘图Plasmiddr