蛋白质结构预测.ppt

第四节蛋白质结构预测中的主要生物信息资源一、常用蛋白质序列数据库1、PIR数据库（Proteininformationresource）2、SWISS-PROT数据库3、TrEMBL数据库4、UniProt蛋白质数据仓库二、常见蛋白质结构数据库1、蛋白质结构数据库—PDB（Proteindatabank）2、蛋白质结构分类数据库（SCOP和CATH）第31页，共56页，星期日，2025年，2月5日蛋白序列数据库种类繁多，各有特色。根据实际情况，通常结合几个不同数据库对结果进行比较以下介绍3种数据库1、PIR数据库（Proteininformationresource）网址：http://www.nbrf./pir/1984年美国国家生物医学研究基金会（NBRF）创建， 源于1960(Dayhoff)《蛋白质结构与结构图册）1988年成立国家蛋白质信息中心（PIR-Interantional）共同收集和维护PIR国际蛋白序列数据库（PIR-PSD）是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序列数据库，提供一个蛋白序列数据库、相关数据库和辅助工具集成系统一、常用蛋白质序列数据库第32页，共56页，星期日，2025年，2月5日PIR提供3种类型的检索服务基于文本的交互式查询，用户通过关键词进行数据查询标准序列搜索和比对：BLAST、FASTA等工具高级搜索：结合序列相似性、注释信息和蛋白质家族信息的高级搜索，包括按注释分类的相似性搜索、结构域搜索等PIR包括3个子数据库，蛋白质序列数据库（PIR-PSD）蛋白质分类数据库（iProClass）非冗余蛋白质参考资料数据库（PIR-NREF）第33页，共56页，星期日，2025年，2月5日2.SWISS-PROT数据库http://www.ebi.ac.uk/swissprot/1986年创建：瑞士Geneva大学和欧洲生物信息研究所（EBI）瑞士生物信息研究所（SIB)和（EBI）共同维护管理第34页，共56页，星期日，2025年，2月5日SWISS-PROT数据库数据介绍——包括核心数据和和注释两大类核心数据：由蛋白质序列（条目）构成，包含4大类基本信息：蛋白质序列数据、引用文献信息、分类学信息、注释信息等注释：蛋白质功能、转录后修饰、特殊位点和区域、二级结构、四级结构、与其它序列的相似性、序列残缺与疾病的关系、序列变异体和冲突等信息。检索：利用序列提取系统(SRS)，方便地检索SWISS-PROT和其它EBI的数据库。序列提交：SWISS-PROT只接受直接测序获得的蛋白质序列，序列提交可以在其Web页面上完成。第35页，共56页，星期日，2025年，2月5日SWISS-PROT数据库特点所有序列条目都经过有经验的分子生物学家和蛋白质化学家通过计算机供给并查阅有关文献资料仔细核实。每个条目包含——条目基本信息、分类信息（描述蛋白质的生物来源）、引用文献信息、注释、蛋白质序列等。冗余最小：对数据进行归并处理，降低了数据库的冗余度。与其它30多个数据建立了交叉引用，其中包括核酸序列库、蛋白质序列库和蛋白质结构库等。第36页，共56页，星期日，2025年，2月5日3、TrEMBL（欧洲分子生物学实验室）数据库 网址：http://www.ebi.ac.uk/trembl/index.html是一个计算机注释的蛋白数据库，是SWISS-PROT数据库的补充。数据库蛋白序列不是直接实验得到，由DNA序列映射获得 主要包含EMBL/Genbank/DDBJ核酸数据库中根据编码序列（CDS）翻译获得蛋白序列TrEMBL由2部分组成SP-TrEMBL（SWISS-PROTTrEMBL）序列被赋予SWISS-PROT登录号，最终要收集到SWISS-PROTREM-TrEMBL（RemainingTrEMBL）序列没有被赋予SWISS-PROT登录号，不准备放入SWISS-PROT如：人工合成蛋白序列、申请专利的序列、伪基因对应的序列等第37页，共56页，星期日，2025年，2月5日4、蛋白质数据仓库（UniveralProteinResourceUniProt）网址：http://www.ebi.ac.uk/uniprot/index.html欧洲生物信息研究所（EBI）将3个蛋白数据库（PIR—Swiss-Prot—TrEMBL）统一起来，称为UniProtUniProt包括3部分UniProtKnowledgebase（UniProt）数据库 蛋白质序列、