药物转录组学.ppt

你们好;第八章药物转录组学

;第一节

转录组学概述;（一）转录组（transcriptome）指生命单元（通常是一种细胞）所能转录出来的可直接参与蛋白质翻译的mRNA（编码RNA）总和，而其他所有非编码RNA均可归为RNA组（RNome）。;1.转录组来自于基因组,量小得多但重要（人类基因组包含有30亿个碱基对，其中大约只有3万个基因转录成mRNA分子，转录后的mRNA能被翻译生成蛋白质的也只占整个转录组的40%左右）。

2.转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。;（三）转录组学（transcriptomics）是在整体水平上研究细胞编码基因转录情况及转录调控规律的科学。;1.基因芯片技术;按用途分

表达谱芯片

诊断芯片

指纹图谱芯片

测序芯片

毒理芯片

芯片实验室是生物芯片技术发展的最终目标;基因芯片的特点：

操作简单

自动化程度高

序列数量大

检测效率高

应用范围广

成本较低;DNA芯片技术步骤;?样品制备;?分子杂交;④检测分析;2.基因表达系列分析;;SAGE的主要依据

;SAGE的主要过程;anchor锚，靠山synthesis综合物zyme酶，病菌enzyme酶;②将收集的3’端cDNA等分为两部分，分别同接头A、B相连接。每一种接头的结构都由PCR扩增引物A或B的序列、标签酶识别位点和锚定酶识别位点三部分组成。

标签酶（TaggingEnzyme,TE）是一种IIS类限制性内切酶，如BsmFI等，它在距识别位点下游约20bp的位置切割DNA双链。;*;;

;④用锚定酶切割扩增产物，分离纯化去除接头后的双标签体（约26bp），并使之相互连接成为大片段的连接体，克隆至质粒载体内形成一个SAGE文库以备集中测序。

;*;*;第二阶段：SAGE文库的测序

第三阶段：标签序列的提取

对测序得到的标签数据进行分析处理。在所测得序列中的每个双标签体之间由锚定酶序列相间隔，每一标签序列是否出现以及出现的频率将代表基因是否表达以及表达的水平。一般一个测序反应的结果可得到约20个双标签体，亦即包含了约40个转录本的信息。

;3.大规模平行信号测序系统;技术方法;*;(2)用DpnII酶切处理微球体上的cDNA模板,形成粘性末端。

(3)用含有II型限制性内切酶Bbv1识别位点的不同寡核苷酸接头与连接在微球体上的cDNA模板相连接,另外每一种接头的3’端还带有一个荧光标记,可与荧光探针杂交,产生荧光信号,该信号可以反映出接头5’端与模板cDNA杂交的不同位置上的碱基信息,从而获取模板cDNA的序列信息。;(4)分别加入能产生红黄蓝绿杂交信号的四套荧光探针,进行杂交,每次杂交完毕用洗脱液清洗微球体阵列,除去上一轮杂交的荧光探针。用显微拍照的方法记录荧光信号,并将四种信号的图像输入计算机储存。

(5)用II型限制性酶Bbv1进一步消化cDNA模板,Bbv1能在距识别位点约13个碱基的位置切割cDNA双链,并在cDNA模板上产生下4个碱基末端。;;三者比较;;4.RNA测序技术;*;（三）转录组学的意义;第二节

转录组学在药学中的应用;一、药靶候选基因的鉴定;发现药物靶标的途径;二、反义药物和siRNA药物;根据反义RNA的作用机制可将其分为3类：

;反义DNA是指能与靶DNA或靶RNA互补结合的短小DNA分子，主要指反义寡核苷酸。

核酶(ribozyme)是具有酶活性的RNA，主要参加RNA的加工与成熟。天然核酶可分为四类：

(1)异体催化剪切型，如RNaseP；

(2)自体催化的剪切型，如植物类病毒、拟病毒和卫星RNA；

(3)第一组内含子自我剪接型，如四膜虫大核26SrRNA；

(4)第二组内含子自我剪接型。;反义药物;反义药物与传统药物的性质和作用对象明显不同;反义药物与传统药物相比具有以下优点：

1、特异性较强。一个15聚体的反义寡核苷酸含有30-45氢键，而低分子的传统药物（200-600u）与靶点一般只形成1-4个键；

2、信息量较大。遗传信息从DNA-RNA-蛋白质，用互补寡核苷酸阻断某种蛋白的合成是很准确的；

3、反义药物以核酸为靶点，与蛋白质作为靶点比较，更易合理设计新药物。

4、比传统药物更具选择性及效率，副作用可能更少。;（二）siRNA药物;*;病毒基因、人工转入基因、转座子等外源性基因随机整合到宿主细胞基因组内，并利用宿主细胞进行转录时，常产生一些dsRNA。

胞质中的核酸内切酶Dicer将dsRNA切割成多个具有特定长度和结构的小片段RNA（大约21～23bp），即siRNA。;siRNA在细胞