生物学意义挖掘pathway热图分析.pdfVIP

背景

热图本质是个二维矩阵图，常用的逻辑是横纵轴坐标分别使

用和样本。如下图：

但热图本身只是个

工具，输入不同的

数据，则可以用于

呈现不同的信息。

例如，以pathway为

单位（代替单）

绘制热图，常常可

以更直观呈现生物规

律。

Pathway热图实例

——不同药物处理对哪些通路有影响不同药物处理对哪些通路有影响

我们很容易发现，几乎所有的

药物对氧化磷酸化这个通路有

很大的影响

3

•如果使用表，很难从大量数据中这么容易找到规律。

Pathway热图的绘制

1准备数据集

选择有意义的通路

确定绘图所用的指标（个数？Qvalue？）

准备相应数据文件；

2准备绘图（几个关键指标的不同）

活性氧对荔枝退行叶的影响活性氧对荔枝退行叶的影响

A1，A2B1，B2C1，C2

处理前处理前

5

文章分析思路

组装表达模式

所有样本原

始数据

趋势分析

denovo

比对有潜在生物学意

转录组义的趋势

参考序列功能富集分析

定量精细挖掘

确定目标集

PCA分析差异分析

后续