生物信息技术应用分子序列比对分析.pptxVIP

生物信息技术应用分子序列比对分析Sequencealignment

Contents序列数据库142成对序列比对与BLAST工具3多重序列比对与Clustal工具序列比对的应用

序列数据库1基本类型：初级数据库收录、存储序列的基本数据资源，如核酸（蛋白质）序列、蛋白质空间结构及基因组信息。次级数据库在初级库资源基础上进行整理和标注，为特定专业领域服务的派生数据库，如表达序列标记、微列阵（基因芯片）、代谢和信号途径、遗传疾病数据库、免疫数据库等等。

核酸序列数据库以核苷酸顺序及注释信息为基本内容的数据库世界三大核酸数据库GenBankinUSA(http://)EMBLinEurope(http://)DDBJinJapan(http://)1998年，GenBank,EMBL,DDBJ共同成立国际核酸序列数据库协会(INSDC,http://)，实现了全球范围内的核酸序列的同步更新和交换互享。

蛋白质序列数据库以蛋白质氨基酸顺序及注释信息为基本内容的数据库世界主要蛋白质序列数据库(1)PIR-PSD(Proteininformationresource-proteinsequencedatabase)foundedbyNBRFofUSA(美国国家医学研究基金会)in1984(http:///)1988年，日本国际蛋白质信息库(JIPID)和德国慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)加入PIR，合作成立了国际蛋白质信息中心（PIR-International）。PIR为较全面和权威注释的蛋白质数据库，具有非冗余、高质量注释和分类全面等特点。

蛋白质序列数据库世界主要蛋白质序列数据库(2)SwissProt1986年始创于瑞士日内瓦大学，现由瑞士生物信息学研究所(SIB)和欧洲生物信息学研究所(EBI)共同管理和维护。(http:///)SwissProt数据库的特点：所有序列条目经过专家核实，可靠性与可信度高；注释详细，包括蛋白质的功能、序列及结构域的结构、翻译后修饰及其位点、突变体等

TrEMBL(translationofEMBL)01建立于1996年，是从EMBL中的cDNA序列翻译得到的蛋白质数据库。相似的还有GenPept(GenBank)数据库。02TrEMBL、GenPept数据库的特点：序列条目来自核酸序列库的翻译，即时性强；但未经专家的注释、分析和核实，因而错误率和冗余度都较高。03世界主要蛋白质序列数据库蛋白质序列数据库

蛋白质序列数据库全球统一的蛋白质序列与功能数据库UniProt(UniversalProteinResource,通用蛋白质资源)(http:///)12345截止2008年8月，UniProt共收录蛋白质序列6,462,751个2002年，PIR、SIB、EBI合并了分属其下的PIR-PSD、Swiss-Prot和TrEMBL数据库，形成了统一的蛋白质数据库UniProt

生物大分子结构数据库以生物大分子各原子空间信息为基本内容的数据库给定序列的蛋白质如何折叠为稳定、具一定生物功能的三维结构？信息来源：对蛋白质晶体的X射线衍射、核磁共振及冷冻电镜分析主要数据库：美国Brookhaven国家实验室的PDB(ProteinDataBank,1971年成立)联合MSD-EBI、PDBj，于2003年组建全球共享的worldwidePDB(wwPDB)(http:///)截止2008年8月，共收录蛋白质结构52684个ResearchCollaboratoryforStructuralBioinformaticshttp://

GenBankNationalCenterforBiotechnologyInformation(NCBI)NationalLibraryofMedicineNationalInstitutesofHealthhttp:///

0102http:///全球著名的生物信息综合数据库GenBank（1982年成立）包含所有已知的核苷酸及蛋白质序列以及与之相关的生物学信息和参考文献，现由美国生物技术信息中心（NCBI，成立于1988年）管理维护，是世界上的权威序列数据库。数据库序列的来源为作者直接递交或间接查寻文献所得，并与世界上其他公开发行的数据库，如EMBL，DDBJ交换每日更新的数据。GenBank

GenBankGenBank核酸数据库的增长（1982-2008）截止2008年2月，GenBank共收录核酸序列近8300万条，约860亿碱基对，来自26万余种生物010