基因组学与比较基因组学.pptVIP

遗传作图是将每条染色体上的基因或DNA标记的相对位置经连锁分析确定下来，构成图谱，因此，需借助相应的遗传标记。遗传作图第57页，共98页，星期日，2025年，2月5日遗传图谱的标记是什么呢？标记1标记2标记3染色体上的基因和DNA序列均可作为路标,他们由特定的DNA顺序组成.路标位于染色体上的位置是固定的，不会更改的，从而而提供了作图的依据。第58页，共98页，星期日，2025年，2月5日遗传标记最早的遗传标记——基因第一代遗传标记——限制性片段长度多态性第二代遗传标记——简单序列长度多态性第三代遗传标记——单核苷酸多态性第59页，共98页，星期日，2025年，2月5日（1）基因是首先被使用的标记孟德尔→豌豆植株高矮、豌豆的形状等摩尔根—显微镜、肉眼→果蝇躯体颜色、翅膀形状等生化表型→细菌、酵母遗传学研究；人类中如血型系列（ABO）分析、血清蛋白和免疫蛋白第60页，共98页，星期日，2025年，2月5日基因是非常有用的标记，但并不是理想的，基因标记的缺点：1、可用作标记的基因十分有限，许多性状都涉及多基因。2、高等生物基因组中存在大量的基因间隔区，遗传图中留下大片的无标记区段。3.只有部分基因其等位基因成员可以通过常规实验予以区分，因而产生的遗传图是不完整的。第61页，共98页，星期日，2025年，2月5日（2）限制性片段长度多态性

（restrictionfragmentlengthpolymorphisms,RFLP）最早发现的DNA分子标记：指同一物种的亚种、品系或个体间基因组DNA受到同一种限制性内切酶作用而形成不同的酶切图谱的现象，称为限制性片段长度多态性（RFLP)。第62页，共98页，星期日，2025年，2月5日限制性片段长度多态性是由于基因组DNA某一位点上的变异引起该位点特异性的限制性内切酶识别位点的改变（原有位点的消失或出现新的酶切位点），致使酶切片段长度随之发生变化而产生。第63页，共98页，星期日，2025年，2月5日RFLP多态性的产生与检测第64页，共98页，星期日，2025年，2月5日RFLP的优点（1）遍布于整个基因组，位置相对固定；（2）无表型效应，不受发育阶段及器官特异性限制；（3）共显性，可区分纯合子和杂合子；（4）结果稳定、可靠；第65页，共98页，星期日，2025年，2月5日共显性:两个亲本的性状在子代个体中同时出现，没有显隐关系。第66页，共98页，星期日，2025年，2月5日限制性片段长度多态性的缺点制备可表现基因组DNA多态性的探针较为困难；DNA需要量大，实验操作较繁锁，检测周期长成本费用也很高；RFLP分子标记分布密度过于稀疏，现已逐步被其他类型分子标记所取代。RFLP是最早发现的分子标记，也被称为第一代分子标记。第67页，共98页，星期日，2025年，2月5日又称串联重复序列，其多态性主要来自重复序列拷贝数的变化，包括小卫星DNA和微卫星DNA。小卫星DNA—由15-65bp的基本单位串联重复而成，长度一般不超过20kb。重复次数（小卫星DNA区的长度）在人群中是高度变异的；按照孟德尔的规律遗传微卫星DNA/简短串联重复（STR、STRP或SSLP），重复单元2-8bp，通常重复10-60次GCTTATATATATATATATATATATATAAGCT（3）简单序列长度多态性第68页，共98页，星期日，2025年，2月5日微卫星序列（SSR）第69页，共98页，星期日，2025年，2月5日如何检测SSR根据简单重复顺序两侧的序列设计引物,经聚丙烯胺凝胶电泳分辩.第70页，共98页，星期日，2025年，2月5日SSR标记的优点（1）在基因组中随机分布，检测的多态性频率高；（2）PCR特异引物，重复性好；（3）共显性，操作相对简单。第71页，共98页，星期日，2025年，2月5日SSR标记的缺点（1）SSR需要测序和设计引物，因而需要大量的人力、物力和时间；（2）另外其种属特异性强，开发所需的费用高昂。SSLP标记又称为第二代分子标记第72页，共98页，星期日，2025年，2月5日（4）单核苷酸多态性

（singlenucleotidepolymorphisms,SNP）SNP是指同一物种不同个体基因组DNA的等位序列上单个核苷酸存在差异的现象。其中最少一种在群体中的频率不小于1％；如果出现频率低于1％，则视作