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转录组数据分析流程与框架构建
目录
转录组数据分析流程与框架构建（1）．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
一、内容概览．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.1转录组学简介．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
1.2数据分析的重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7
1.3研究目的与价值．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8
二、数据获取与质量控制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
三、转录组数据分析流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
四、差异表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
4.1样本间差异表达基因检测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14
4.2差异表达基因功能注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
4.3差异表达模式分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
五、转录组数据深度解析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18
5.1基因结构分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20
5.2变异位点检测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
5.3通路与调控网络分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22
六、数据可视化与结果呈现．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23
6.1数据可视化概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
6.2可视化工具选择与应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
6.3结果报告与展示．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
七、框架构建与系统集成．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
7.1分析流程框架设计．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30
7.2数据管理系统构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
7.3集成化软件平台搭建与应用案例分享七、框架构建与系统集成
转录组数据分析流程与框架构建（2）．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
一、内容概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37
1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37
1.2转录组学简介．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
1.3数据分析的重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
二、转录组数据获取与预处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40
2.1数据来源与格式．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43
2.2数据清洗与整理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44
2.3数据质量评估．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44
三、转录组数据分析流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．46
3.1数据筛选与表达谱构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．46
3.2变异表达基因分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．48
3.3功能富集分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．50
3.4相关性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．51
3.5细胞器定位分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．53
3.6转录因子预测与分析
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