白三叶响应低温胁迫的基因表达模式分析.pdfVIP

目录

第1章绪论1

1.1引言1

1.2低温胁迫及其对植物生长发育的影响1

1.3植物响应低温胁迫的生理机制研究2

1.3.1抗氧化酶系统2

1.3.2光合系统2

1.3.3细胞膜系统3

1.4植物响应低温胁迫的分子机制研究3

2+

1.4.1Ca信号调控3

1.4.2低温胁迫过程的转录调控4

1.5转录组概述及其应用4

1.6加权基因共表达网络概述及其应用5

1.7研究的目的及意义6

1.8研究技术路线6

第2章白三叶响应低温胁迫的生理生化分析7

2.1引言7

2.2材料和方法7

2.3生理生化指标测定方法7

2.3.1过氧化物酶(POD)的测定7

2.3.2氧化氢酶(CAT)活性的测定8

2.3.3叶绿素(CHL)的测定8

2.3.4相对电导率的测定9

2.4结果与分析9

2.4.1低温胁迫对白三叶抗氧化酶活性的影响9

2.4.2低温胁迫对白三叶叶绿素含量的影响10

2.4.3低温胁迫对白三叶相对电导率的影响11

2.5本章小结12

第3章白三叶响应低温胁迫的转录组分析13

3.1引言13

3.2材料和方法13

3.2.1实验材料13

3.2.2生物信息学软件与数据库13

3.2.3实验仪器14

3.2.4文库的构建与测序14

3.2.5序列的组装与Unigenes的功能注释14

3.2.6基因差异表达分析14

3.3结果与分析14

3.3.1RNA-seq的拼接结果14

3.3.2白三叶UniGene的功能注释和分类17

3.3.3低温胁迫下白三叶的基因差异表达分析20

3.4本章小结21

第4章白三叶响应低温胁迫的加权基因共表达网络分析22

4.1引言22

4.2实验材料与方法22

4.2.1基因共表达网络中软阈值的确定22

4.2.2基因共表达网络基因聚类和模块切割22

4.2.3基因共表达网络中模块与时间点矩阵的关联分析23

4.2.4通过特征向量基因分析确定目标基因模块23

4.2.5模块的GO富集分析23

4.2.6关键(节点)基因的挖掘及互作网络的构建23

4.3结果与分析23

4.3.1基因共表达网络中软阈值的确定23

4.3.2基因共表达网络基因聚类和模块切割24

4.3.3基因共表达网络中模块与时间点矩阵的关联分析25

4.3.4通过特征向量基因分析确定目标基因模块28

4.3.5关键(节点)基因的挖掘及互作网络的构建29

4.4本章小结30

第5章白三叶响应低温胁迫的CDPK激酶基因分析31

5.1引言31

5.2实验材料和方法31

5.2.1白三叶CDPK激酶的鉴定与分类31

5.2.2白三叶CDPK基因家族的分子系统发育分析32

5.2.3白三叶CDPK基因的保守基序分析32

5.2.4白三叶CDPK基因家族的表达分析32

5.2.5白三叶CDPK基因家族的qRT-PCR表达分析32

5.3结果与分析33

5.3.1白三叶中CDPK基因鉴定与命名33

5.3.2白三叶中CDPK的分子系统发育进化树分析34

5.3.3白三叶中CDPK蛋白保守基序分析35

5.3.4白三叶中CDPK在低温胁迫下的表达谱36

5.3.5白三叶中CDPK基因表达的qRT-PCR验证36

5.4本章小结38

第6章讨论39

6.1白三叶响应低温胁迫的生理生化指标分析39

6.2白三叶响应低温胁迫的