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木薯块根耐储性形成的转录组差异分析及关键基因挖掘

目录

一、内容概括．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1木薯的重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.2块根耐储性研究的意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

研究目的与任务．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

2.1研究目的．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

2.2研究任务．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

文献综述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

3.1木薯转录组研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

3.2耐储性相关基因研究概况．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

二、研究方法与实验设计．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

研究方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

1.1转录组测序技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

1.2生物信息学分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

1.3分子生物学实验验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

实验材料与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

2.1实验材料．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

2.2实验处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

2.3样品准备．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

实验流程设计．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

3.1转录组测序实验流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

3.2生物信息学分析流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

三、转录组测序结果分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

测序数据质量评估．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

1.1数据量统计．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

1.2数据质量评估指标．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30

差异表达基因分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

2.1差异表达基因筛选标准．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34

2.2差异表达基因数量统计．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35

差异表达基因功能注释与分类．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36

3.1基因功能注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37

3.2基因分类及分布．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38

四、耐储性相关关键基因挖掘与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40

关键基因的筛选标准与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41

1.1筛选标准．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42

1.2筛选方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43

耐储性相关关键基因的生物信息学分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44

2.1基因表达模式分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．