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国际细菌的分离鉴定及其共生共生体的生态效应研究

目录

一、内容概览．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

1.1.1国际细菌的分布与多样性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

1.1.2共生微生物的生态功能．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

1.1.3生态效应研究的重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

1.2国内外研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

1.2.1国际细菌的分离与鉴定技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

1.2.2共生微生物的相互作用机制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

1.2.3生态效应的研究进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

1.3研究目标与内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

1.3.1主要研究目标．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

1.3.2具体研究内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

1.4研究方法与技术路线．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

1.4.1研究方法概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

1.4.2技术路线图．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

二、国际细菌的分离与鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

2.1样本采集与预处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

2.2国际细菌的分离纯化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

2.2.1培养基的制备与选择．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

2.2.2纯化培养方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

2.2.3菌株保藏．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

2.3国际细菌的形态学与生理生化特性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

2.3.1形态学观察．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

2.3.2生理生化特性测定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32

2.4国际细菌的分子生物学鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

2.4.116SrRNA基因序列分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35

2.4.2基因芯片技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36

2.4.3系统发育树构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37

三、共生微生物的群落结构分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38

3.1样本处理与DNA提取．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39

3.1.1样本前处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41

3.1.2DNA提取方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43

3.2高通量测序技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44

3.2.116SrRNA基因测序．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．46

3.2.2基因组测序．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47

3.3共生微生物群落结构分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．49

3.3.1群落丰度与多样性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．50

3.3.2物种组成分析．．．