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方法:pulldown阐述它在靶标确证中的应用
对于参考文献的简单介绍:
文献名称:Chemicaltaggingofadrugtargetusing5-sulfonyltetrazole
作者:SatsukiOtsuki;ShinichiNishimura;Hisae
Takabatake;KozueNakajima;YasuakiTakasu;
ToruYagura;YukiSakai;AkiraHattori;
HideakiKakeya
杂志:BioorganicMedicinalChemistryLetters
:2013Vol.23No.61608-1611
IF:2013:2.331;2012:2.338;2011:2.554;2010:2.661
SCI分区:3区
寻找文献的过程:
进入百链网,在搜索栏中输入“smallmolecule”,检索外文文献,然后在搜索的结
果中再搜索“targetidentification”,浏览搜到的文献选择合适的。
对于文献中研究的小分子和大分子的简介:
CsA(环孢素A)是一种于天然产物的免疫抑制剂,在这里把它制成小分子探针
亲环素A(CyPA),是我们要确证的靶标,它广泛存在于多种组织和细胞,具有肽基脯氨酰
顺反异构酶(PHase)活性,在一系列生物学过程中发挥重要功能,如蛋白折叠、免疫抑制、与
CD147相互作用以及细胞凋亡等。近年来研究发现,CypA与一些的发生发展存在密切
联系,特别是与肺癌、胰和肝癌等。这里用pulldown技术研究他们相互作用,pulldown
是亲和纯化的一种形式。
小分子和大分子作用原理:
首先将5—磺酰四唑,环孢素A和生物素三者结合制作成探针,其中5—磺酰四唑是标记
功能组,环孢素A是配体,生物素是。这个小分子探针诱饵蛋白。
然后将探针放入到混有链霉珠的细胞裂解液中,三者进行混合孵育,带有的诱饵蛋白
与可以和特异结合的链霉珠结合生成次级亲和支持物用于捕获蛋白,而细胞裂解
液中含有要确证的靶标蛋白。
CsAprobe从细胞裂解液中把和它有亲和力的蛋白捕获在链霉珠上,而探针中的5--
磺酰四唑受到靶标中亲核试剂可以共价结合靶标活性位点,起到一个辅助作用,增强
探针与靶标蛋白作用。这样就获得了靶标,又可以称为捕获蛋白。
再对探针分子和捕获蛋白进行收集洗脱,经SDS分离,鉴定结果是存在目标蛋白,
有18kDA的蛋白质条带被检测到,它们就是通过Westernblotting分析后证实的CyPA。
由此确证了CsA的靶标是CyPA。
为什么这个方法可行的(为什么大分子是小分子的主要作用靶点):
制成探针,保留原有生物学性质
生物素有效标记,与链霉珠生成亲和物有助于靶标蛋白捕获
缓冲液及样品条件与靶结合相互作用兼容;
诱导蛋白在带有和被时仍可行使功能(CsA,5--磺酰四唑保留原有生物学活性以
高亲和力与CyPA结合);
5—磺酰四唑中6价S,反应活性高,易受亲和试剂与之共价结合
探针与靶标特异结合相互作用的亲和性足够强,非结合的样品成分被洗脱,进行
SDS
所以,捕获蛋白可以结合到亲和支持物上。
在这里pulldown用于确证小分子和大分子作用,通过查阅其他文献,可知,pulldown还
可以用在大分子和大分子作用还有靶标发现等上。
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