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转录组学在低磷胁迫激活白黄链霉菌中的应用研究

目录

文档简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.1.1低磷胁迫环境概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

1.1.2白黄链霉菌研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

1.1.3转录组学技术研究进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

1.1.4本研究的科学价值与应用前景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

1.2国内外研究进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

1.2.1低磷胁迫对微生物的影响．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

1.2.2白黄链霉菌的代谢调控机制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

1.2.3转录组学在胁迫响应研究中的应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

1.3研究目标与内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

1.3.1研究目标．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

1.3.2研究内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

1.4研究方法与技术路线．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

1.4.1研究方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

1.4.2技术路线．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

1.5论文结构安排．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

2.1实验材料．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

2.1.1菌株来源与培养条件．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

2.1.2培养基组成与配制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

2.2实验方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

2.2.1菌株培养与低磷胁迫处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34

2.2.2样本采集与总RNA提取．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35

2.2.3RNA质量检测与片段化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36

2.2.4双端测序文库构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38

2.2.5测序数据质量控制与过滤．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41

2.2.6转录组数据分析流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42

2.3数据分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42

2.3.1数据比对与基因注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44

2.3.2差异表达基因筛选与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44

2.3.3代谢通路富集分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45

2.3.4蛋白质互作网络构建与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．49

2.3.5生物信息学工具与数据库．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．50

结果与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．52

3.1低磷胁迫对白黄链霉菌生长的影响．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．52

3.1.1菌株生长曲线分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．53

3.1.2菌体生物量变化．．．．．．．．．．．．．．．．．