真核生物基因结构的预测分析方法软件.pptVIP

基因密码子偏好性:CodonW粘帖目的序列密码子表的选择如需计算FOP/CBI选择相应物种如需计算CAI选择相应物种输出格式(默认不选)汇总所有基因的信息第30页，共48页，星期日，2025年，2月5日参数选择计算所有指数选择导入对应物种CAIFOPCBI数据计算有效密码子数计算GC含量计算GC3s含量计算同义密码子数量计算同义密码子第三位碱基组成密码子总数第31页，共48页，星期日，2025年，2月5日各项指数输出结果密码子使用频率CodonW结果界面第32页，共48页，星期日，2025年，2月5日课堂练习使用CodonW分析基因的密码子使用偏好，了解密码子偏好分析中各指数的含义。第33页，共48页，星期日，2025年，2月5日内含子/外显子剪切位点识别如何分析核酸序列中的外显子组成？通过对特征序列(GT-AG)的分析进行直接的预测基因预测软件（NetGene2）与相应的基因组序列比对，分析比对片段的分布位置（Spidey）第34页，共48页，星期日，2025年，2月5日第35页，共48页，星期日，2025年，2月5日剪切位点识别：NetGene2http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGene2/提交序列选择物种第36页，共48页，星期日，2025年，2月5日NetGene2输出结果供体位点受体位点可信度相位第37页，共48页，星期日，2025年，2月5日mRNA剪切位点识别：SpideyNCBI开发的在线预测程序用于mRNA序列同基因组序列比对分析/spidey第38页，共48页，星期日，2025年，2月5日第1页，共48页，星期日，2025年，2月5日实习一基因组数据注释和功能分析实习二真核生物基因结构的预测分析实习三芯片的基本数据处理和分析实习四蛋白质结构与功能分析实习五蛋白质组学数据分析实习六系统生物学软件实习课程内容基因组学转录物组学蛋白质组学系统生物学第2页，共48页，星期日，2025年，2月5日基因组序列cDNA序列编码区预测CodonbiasGCContent限制性酶切位点基因结构分析选择性剪切转录调控因子序列比对功能注释KEGGGO系统发育树蛋白质序列翻译蛋白质理化性质二级结构预测结构域分析重要信号位点分析三级结构预测基因组功能分析第3页，共48页，星期日，2025年，2月5日真核生物基因的主要结构第4页，共48页，星期日，2025年，2月5日基因结构分析开放读码框GENSCANGENOMESCANCpG岛CpGPlot转录终止信号POLYAH启动子/转录起始位点PromoterScan密码子偏好分析CodonWmRNA剪切位点NETGENE2Spidey选择性剪切ASTD基因结构分析常用软件第5页，共48页，星期日，2025年，2月5日开放读码框的识别开放读码框（openreadingframe,ORF)是一段起始密码子和终止密码子之间的碱基序列ORF是潜在的蛋白质编码区第6页，共48页，星期日，2025年，2月5日基因开放阅读框/基因结构分析识别工具ORFFinder/gorf/gorf.htmlNCBI通用BestORF/berry.phtml?topic=bestorfgroup=programssubgroup=gfindSoftberry真核GENSCAN/GENSCAN.htmlMIT脊椎、拟南芥、玉米GeneFinder/tools/genefinder/Zhanglab人、小鼠、拟南芥、酵母FGENESH/berry.phtml?topic=fgeneshgroup=programssubgroup=gfindSoftberry真核(基因结构)GeneMark/GeneMark/eukhmm.cgiGIT原核GLIMMER/genomes/MICROBES/glimmer_3.cgi/software/glimmerMaryland原核Fgenes/berry.phtml?topic=fgenesgroup=programssubgroup=gfindSoftberry人（基因结构）FgeneSV/berry.phtml?topic=virusgroup=programssubgroup=gfindvSoftberry病毒Generation/generation/ORNL原核FGENESB