药物发现与开发：基于AI的药物筛选_12.药物筛选中的分子动力学模拟.docx

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12.药物筛选中的分子动力学模拟

12.1分子动力学模拟的基本原理

分子动力学模拟（MolecularDynamicsSimulation,MD）是一种计算方法，用于模拟原子和分子在给定时间内的运动。通过这种方法，可以研究分子在不同条件下的行为，如温度、压力和溶剂环境等。在药物发现和开发中，MD模拟被广泛应用于理解药物与靶点的相互作用机制、优化药物设计和预测药物的生物活性。

12.1.1经典分子动力学模拟

经典分子动力学模拟基于牛顿运动方程，通过数值积分方法计算分子系统的能量和力。具体来说，分子动力学模拟的核心步骤包括：

力场选择：选择合适