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动物基因组学：基因组数据分析_（3）.基因组组装和注释.docx

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    基因组组装和注释

    基因组组装的原理

    基因组组装是指将短读序列（shortreads）或长读序列（longreads）拼接成连续的DNA序列的过程。这一过程通常涉及多个步骤，包括预处理、重叠图构建、路径寻找和最终的组装。基因组组装的目的是重建完整的基因组序列，以便进行后续的基因注释和功能分析。

    预处理

    预处理阶段的主要任务是去除低质量的读序列、去除重复序列和去除可能的污染序列。这一阶段可以显著提高组装的准确性和效率。常用的预处理工具包括Trimmomatic、Fastp等。

    #使用Trimmomatic进行预处理

    java-jartrimmo

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