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解析四膜虫Ⅰ型内含子折叠“框架结构”：洞察RNA折叠奥秘

一、引言

1.1研究背景与意义

RNA作为生物体内一类至关重要的生物大分子，参与了众多关键的生物过程，从遗传信息的传递到基因表达的调控，其功能的多样性与复杂性令人瞩目。而RNA发挥这些功能的基础，正是其精确折叠形成的特定三维结构。正如蛋白质需要折叠成特定构象来执行其功能一样，RNA的折叠结构决定了它能否在蛋白质翻译、剪接、转录调控等过程中正常运作。例如，转运RNA（tRNA）通过独特的折叠结构识别并转运特定的氨基酸，参与蛋白质的合成；核糖体RNA（rRNA）作为核糖体的重要组成部分，其折叠结构为蛋白质合成提供了关键的场所和催化活性。

四膜虫Ⅰ型内含子在RNA研究领域占据着极为特殊的地位，它是第一个被鉴定为具有催化活性的纯RNA系统，这一发现打破了人们以往对酶的传统认知，开启了RNA研究的新篇章。自发现以来，四膜虫Ⅰ型内含子一直是研究RNA折叠、催化机制以及RNA-蛋白质相互作用的重要模型。在RNA折叠研究中，四膜虫Ⅰ型内含子具有典型的代表性。它的折叠过程涉及多个结构域的协同作用，形成复杂的二级和三级结构。通过对四膜虫Ⅰ型内含子折叠的深入研究，我们有望揭示RNA折叠的普遍规律和机制，这对于理解其他RNA分子的折叠过程具有重要的指导意义。例如，了解四膜虫Ⅰ型内含子如何在不同环境条件下快速准确地折叠，有助于我们预测和解释其他RNA分子在细胞内复杂环境中的折叠行为。

从更宏观的角度来看，研究四膜虫Ⅰ型内含子折叠对揭示生命过程的奥秘具有深远意义。在生命起源的研究中，RNA被认为是最早出现的生物大分子之一，具有遗传信息传递和催化活性的双重功能。四膜虫Ⅰ型内含子的自剪接特性，为“RNA世界”假说提供了有力的证据，通过研究其折叠机制，我们可以更好地理解早期生命中RNA如何发挥核心作用，以及生命从简单到复杂的演化过程。在现代生物学中，许多疾病的发生发展都与RNA的异常折叠密切相关。某些病毒的RNA折叠异常可能影响其感染和复制能力；在神经退行性疾病中，如肌萎缩侧索硬化症（ALS）和亨廷顿舞蹈症，异常折叠的RNA会形成有毒的聚集体，导致神经元损伤。对四膜虫Ⅰ型内含子折叠的研究，有助于我们深入了解RNA折叠异常的机制，为开发针对这些疾病的诊断和治疗方法提供理论基础。

1.2国内外研究现状

在RNA结构研究领域，四膜虫Ⅰ型内含子一直是国内外学者关注的焦点。自1982年美国科学家汤姆?切赫（TomCech）发现嗜热四膜虫中可自我剪接的Ⅰ型自剪接内含子——核酶以来，众多科研团队围绕其展开了深入研究。

在二级结构解析方面，1987年，HenkF.Tabak等人在《NucleicAcidsResearch》发表文章“StructuralconventionsforgroupIintrons”，建立了Ⅰ型内含子二级结构的命名规则，为后续研究奠定了基础。研究发现，所有的Ⅰ型内含子都具有由9个保守的配对区（P1-P9）组成的高度保守的二级结构，这些配对区进一步组成3个结构域：P1-P2结构域、P4-P6结构域和P3-P9结构域。其中，P1是底物配对区，包含核酶的5′剪切位点；P3和P7形成对核酶催化至关重要的假节结构。除了这9个保守配对区，大多数Ⅰ型内含子还具有至少一个额外的周边结构域，如四膜虫内含子中的P5abc、P2.1和P9.1-P9.2等，这些周边结构主要通过形成各种三级相互作用来稳定核酶的核心结构。国内学者在这方面也做出了重要贡献，通过生物信息学分析和实验验证，深入探讨了不同物种中Ⅰ型内含子二级结构的保守性与差异性，为理解其进化和功能提供了新的视角。

随着结构解析技术的不断发展，冷冻电镜技术在四膜虫Ⅰ型内含子研究中发挥了关键作用。2021年，四川大学华西医院生物治疗国家重点实验室苏昭铭研究员团队在《Nature》上发表论文，首次对全长四膜虫核酶的3.1?冷冻电镜结构进行解析，并展示了核酶结合底物前后的构象变化。2022年，中国科学技术大学张凯铭与美国斯坦福大学RhijuDas、WahChiu教授团队合作，利用冷冻电镜解析了四膜虫L-21ScaI核酶的错误折叠结构，从单个标本中获得了3种M亚态（M1、M2、M3）和1种N的冷冻电镜结构，总体分辨率分别为3.5?、3.8?、4.0?和3.0?，揭示了错误折叠结构与天然结构之间的拓扑差异。2023年，苏昭铭团队再次取得突破，以2.84-3.73?