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热带作物学报2025,46(5):10431051

ChineseJournalofTropicalCrops

5种咖啡及其近缘种叶绿体基因组序列比较分析

刘成，马关润，赵明珠，李梅方，陈天明，王静敏，蒋鑫磊，白学慧，周华*

云南省德宏热带农业科学研究所，云南瑞丽678600

摘要：本研究以大粒种咖啡（Coffealiberica）、中粒种咖啡（C.canephora）、小粒种咖啡（C.arabica）、丁香咖

啡（C.eugenioides）及总状咖啡（C.racemosa）5种咖啡属植物的叶绿体基因组为研究对象，对其进行统计和比较分

析。结果表明：叶绿体基因组长度在154751~155189bp之间，最长的是小粒种咖啡，最短的是中粒种咖啡，GC平均

含量为34.98%；大粒种咖啡和小粒种咖啡叶绿体基因组均编码130个基因，丁香咖啡叶绿体基因组编码基因最多，为

138个，总状咖啡叶绿体基因组编码基因最少，为121个；比较5种咖啡植物叶绿体基因组边界区域发现，方向顺序排

列一致，体现了叶绿体基因组结构的高度保守性；SSR序列分析表明，5种咖啡植物具有较强的AT偏向性，且SSR

类型和数目均不相同；经核苷酸多样性变异位点分析，筛选出了5个核苷酸变异较大的区段，包括PetN-PsbM、accD、

accD-PsaI、rpl16和ndhF-rpl32。进一步基于叶绿体基因组和5个核酸高变区的联合分析，构建19种咖啡属植物的系

统发育树，揭示其亲缘关系。本研究可为咖啡属植物的种质资源鉴定、起源进化及杂交育种提供参考依据。

关键词：咖啡属；叶绿体基因组；系统发育；高变区

中图分类号：S571.2文献标志码：A

ComparativeAnalysisofChloroplastGenomeSequencesofFive

CoffeeSpeciesandItsRelatedSpecies

LIUCheng,MAGuanrun,ZHAOMingzhu,LIMeifang,CHENTianming,WANGJingmin,JIANGXinlei,

*

BAIXuehui,ZHOUHua

DehongTropicalAgriculturalResearchInstituteofYunnan,Ruili,Yunnan678600,China

Abstract:Takingthechloroplastgenomesoffivecoffeaplants,namelyCoffealiberica,C.canephora,C.arabica,C.

eugenioides,andC.racemosa,astheresearchobjects,aseriesofstatisticalandcomparativeanalyseswerecarriedout.

Theresultsdemonstratedthatthelengthsofthechloroplastgenomesvariedfrom154751bpto155189bp,withC.

arabicaapossessingthelongestgenomeandC.canephorahavingtheshortest.TheaverageGCcontentwasdetermined

tobe34.98%.BothC.libericaandC.arabicaencoded130genes,whileC.eugenioideshadthelargestnumberofgenes,

totaling138,andC.racemosahadtheleast,withonly121.Uponcomparingtheborderregionsofthechloroplastge-

nomes