粗叶榕转录组SSR位点分析及分子标记开发.pdfVIP

热带作物学报2025,46(5):10841093

ChineseJournalofTropicalCrops

粗叶榕转录组SSR位点分析及分子标记开发

11,311121*

燕青，秦雅楠，张华林，李文秀，叶亚娜，黄安瀛，罗萍

1.中国热带农业科学院湛江实验站/湛江市橡胶林下经济工程技术研究中心，广东湛江524013；2.中国林业科学研究院速

生树木研究所，广东湛江524300；3.云南农业大学热带作物学院，云南普洱650201

摘要：五指毛桃（FiciHirtaeRadix）是一种中药材，其来源于粗叶榕（FicushirtaVahl.）的干燥根部。开发利用药用

植物粗叶榕SSR分子标记，为其种质遗传多样性分析、遗传图谱构建、辅助育种等提供理论依据及数据支撑。以粗叶榕

全缘、三裂、五裂、七裂4种典型叶片为试材，经转录组测序后进行位点特征分析及分子标记开发。结果表明：基于34375条转

录组unigene序列，筛选到16851个SSR位点，分布于12094条unigene，分布频率为35.18%，平均每2638bp有1个SSR

位点，分布密度为3.68kb。共观察到5种不同核苷酸基序类型，其中最常见的是重复6次的基序，占SSR总数的20.92%，

且长度基本小于29bp。双碱基重复序列占主导地位，其次是三碱基和四碱基重复类型。其中，(AG/CT)n是最常见的基元，

占所有SSR的26.05%；其次是(AT/AT)n基元，占18.69%。随机选取100条EST-SSR引物，以粗叶榕4种不同叶型的基因组

DNA扩增目标产物，其中89条引物在粗叶榕4个种质间表现出多态性。选取9对条带清晰的引物，对不同地区的31个粗叶

榕种质进行DNA扩增和指纹图谱构建，这些引物组合多态性条带比例均值达72.04%，并对31个种质进行了有效鉴别，成功

建立了DNA指纹图谱。研究结果证明粗叶榕转录组SSR位点信息丰富，利用性高，可为后续研究提供数据支撑。

关键词：粗叶榕；五指毛桃；转录组；EST-SSR；DNA指纹图谱

中图分类号：S567.19文献标志码：A

ComprehensiveAnalysisofSSRLociWithintheFicushirtaVahl.

TranscriptomeandtheDevelopmentalApplicationofMolecular

Markers

11,311121*

YANQing,QINYanan,ZHANGHualin,LIWenxiu,YEYana,HUANGAnying,LUOPing

1.ZhanjiangExperimentalStation,ChineseAcademyofTropicalAgriculturalSciences/ZhanjiangRubberUnderstoryEconomic

EngineeringTechnologyResearchCenter,Zhanjiang,Guangdong524013,China;2.ResearchInstituteofFast-growingTrees,Chi-

neseAcademyofForestry,Zhanjiang,Guangdong524300,China;3.CollegeofTropicalCrops,YunnanAgriculturalUniversity,

Pu’er,Yunnan650201,China

Abstract:FiciHirtaeRadix,aChineseherbalmedicine,ispreparedfromthedryroots