落葵叶绿体基因组特征分析.pdfVIP

第42卷第3期四川农业大学学报Vol.42No.3

2024年6月JournalofSichuanAgriculturalUniversityJun.2024

doi：10.16036/j.issn.1000-2650.202401338

落葵叶绿体基因组特征分析

杨世涵，王依霖，张怡，田玉肖，李梦瑶，陈清，张芬，孙勃*

（四川农业大学园艺学院，成都611130）

摘要：【目的】落葵（Basellaalba）为落葵科落葵属缠绕茎生草本植物，原产于中国和印度。植物叶绿体基因组遗传稳

定，常被用于植物的鉴定及系统发育研究，旨在对落葵的叶绿体基因组进行特征分析。【方法】采用15对叶绿体基

因组通用引物对落葵新鲜叶片提取的DNA进行扩增，并利用IlluminaHiSeqXTen平台进行测序，获得其叶绿体基因

组序列。【结果】落葵叶绿体基因组全长156533bp，具有典型的四分体结构，包含83个编码蛋白基因、28个tRNA基

因以及4个rRNA基因。检测到基因组中45个重复序列和263个简单重复序列，二核苷酸序列均为碱基AT/AT重

复。密码子分析表明落葵叶绿体基因组密码子第三位碱基偏好使用A或U，综合中性绘图分析、ENC标准曲线分

析、PR2-plot分析发现落葵叶绿体基因组密码子偏好性受自然选择因素为主的多种因素共同影响，符合落葵为双子

叶植物的形态学分类结果。【结论】落葵与落葵薯叶绿体基因组高度相似，比较基因组学分析显示落葵与其他石竹

目物种在反向重复区的收缩与扩张上存在差异。基于落葵在内的20种不同植物叶绿体基因组matK基因序列进行

系统发育分析，结果表明落葵与其他落葵科植物处于同一进化分支，但其属间进化关系与形态学分类存在一定差

异。研究结果为落葵科的资源分析及利用研究提供了理论基础。

关键词：落葵；叶绿体基因组；SSR；密码子偏好性；系统发育

中图分类号：S636.9文献标志码：A文章编号：1000-2650（2024）03-0529-11

AnalysisoftheCompleteChloroplastGenomeofBasellaalba

YANGShihan，WANGYilin，ZHANGYi，TIANYuxiao，LIMengyao，CHENQing，ZHANGFen，SUNBo*

（CollegeofHorticulture，SichuanAgriculturalUniversity，Chengdu611130，China）

Abstract:【Objective】BasellaalbaisatwiningherbaceousplantofthegenusBasellainthefamily

Basellaceae，nativetoChinaandIndia.Theplantchloroplastgenomeisgeneticallystableandisoftenused

forplantidentificationandphylogeneticresearch.Thisstudyaimstoanalyzethecharacteristicsofthe

chloroplastgenomeofB.alba.【Method】Tosequencingthecompletech