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KOBAS2.0：一个基于KEGGOrthology注释系统的软件

暗香疏影

简要介绍：KOBAS2.0(KEGGOrthologyBasedAnnotationSystem)是一个基于

KEGGOrthology注释系统的集合注释软件，其目的是运用常用的通路和疾

病知识库，来系统地识别和众多通路与疾病相关的或蛋白质。目前，KOBAS2.0整

合了多个注释数据库：功能数据库GeneOntology，疾病数据库OMIM,KEGG

DISEASE,FunDO,GAD和通路数据库KEGG,PID,BioCarta,Reactome,BioCyc，

PANTHER。KOBAS2.0新增了annotate+identify功能，即对集合进行注释、

发现显著参与某功能或通路等的。

操作详尽步骤：（以集合的通路注释为例）

1.输入需要查询的

输入格式有多种可选：如FASTA，EntrezID，EnsemblID等。此处我们

以EntrezID为例。

EntrezID

2.选择物种和需要注释到的数据库：物种包括人类、老鼠、果蝇等多种，供选

择的数据库包括KEGG，PID，OMIM等，用户可以根据自己的需求进行注释

数据库的选择。（这里以KEGG数据库为例）

3.

点击提交后得到结果，结果出现在一个单独的框中，其中包含显著富集的通

路的名称、数据库、ID、涉及的输入个数以及富集的p值和矫正的p

值。得到的该结果还支持各种格式的“download”，因此，可以轻松获得每条

相关通路的对应信息。

点击通路对应的编号

此外，每一条通路的ID是一个可以点击的连接，点击其中接（如箭头

所指），此条对应的通路就会出现，且输入列表中map到该通路的会均被

标注出来，如下图，让我们一目了然地看到输入在通路中所处的位置。

结语：KOBAS2.0涵盖和整合了更全面的数据库，是一款生物信息分析中，

对集合进行多方面的注释分析的实用好软件之一，快用您的集合试