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忍冬盐胁迫响应调控网络的基因表达分析及其核心基因探寻
目录
忍冬盐胁迫响应调控网络的基因表达分析及其核心基因探寻（1）．．3
文档概括．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.1研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.2研究意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
1.3国内外研究进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7
1.4研究目标与内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9
研究材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9
2.1实验材料．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
2.2盐胁迫处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11
2.3基因表达数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
2.4核心基因筛选方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14
对比分析体系构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
3.1对照组与处理组样品采集．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20
3.2基因组RNA提取与质量检测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22
3.3高通量测序．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23
3.4测序数据预处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25
基因表达模式解析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
4.1差异表达基因筛选标准．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
4.2差异表达基因的火山图分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30
4.3差异表达基因的路径图展示．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
4.4调控网络初步构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
关键调控基因鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35
5.1基于表达量排序的候选基因筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
5.2生物信息学功能注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40
5.3蛋白质互作网络分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42
5.4核心基因功能验证实验设计．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．46
忍冬盐胁迫响应调控网络的基因表达分析及其核心基因探寻（2）．49
一、内容概要．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．49
（一）研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．50
（二）研究目的与内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．54
（三）研究方法与技术路线．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．55
二、材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．56
（一）实验材料．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．59
（二）实验设计与实施．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．60
（三）数据收集与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．64
三、忍冬盐胁迫响应调控网络基因表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．67
（一）基因表达数据的获取与整理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．69
（二）差异表达基因的筛选与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．71
（三）基因表达谱的构建与可视化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．73
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