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#软件工具#PLI:比较蛋白配体互作的web-server
Peaker
PDB数据库中的大部分条目，都是描述的小分子量分子，例如生
理化学物质或者合成药物与蛋白质互作的信息。而有的时候，同一种
小分子可以在不同的蛋白-配体结构中都能出现。所以我们就会很感兴
趣，到底样的结构能够使得药物可以与之结合，这方面的知识
是我们很感，而且对于药物的研发也是很重要的信息。在此，我
给大家介绍一个web-server，PLI（Protein-LegendInteraction）可以帮
助我们了解蛋白与配体之间的互作结构。
PROTEIN-LIGANDInteraction数据库描述了小分子与靶标蛋白是如
何互作的。
我们可以通过来他的主页，如
下图所示：
PLI了两种方式搜索结果，一种是从配体出发，一种是从蛋白
#SoftwareTool#PLI:web-serverforcomparingproteinligand
interactions
Peaker
MostoftheentriesinthePDBdatabasedescribe
informationaboutsmallmolecularweightmolecu,suchas
physicochemicalsubstancesorsyntheticdrugsinteracting
withproteins.Sometimes,thesamesmallmoleculecan
appearindifferentprotein-ligandstructures.Sowewillbe
veryinterestedinwhatkindofstructurecanmakedrugs
combinewiththem.Thisknowledgeisveryinteresting,andit
isalsoveryimportantinformationfordrugresearchand
development.Here,Iwillintroducetoyouaweb-server,PLI
(Protein-LegendInteraction)thatcanhelpusunderstandthe
interactionstructureweenproteinsandligands.
ThePROTEIN-LIGANDInteractiondatabasedescribeshow
smallmolecuinteractwiththetargetprotein.
Wecanaccesshishomepagethrough
,asshowninthefollowingfigure:
PLIprovidestwowaystosearchresults,oneisbasedonligandsandtheotherisbasedon
proteins.
出发，他们所获得的结果都是与这个配体有关系的所有蛋白复合物或
者与这个蛋白有关系的所有配体。如下图所示搜索框：
通过配体搜索的时候，我们可以通过化学结构，或者KEGG编码，或
者化学物质的名字进行搜索。选择一个配体，出现该配体的所有PDB条目
都会显示出来。所涉及到的蛋白质按照相同的分类。而通过蛋白
搜索的时候，可以使用Uniprot编码或者名字。我们首先使用配体搜索
为例，我们输入一个化学药剂的名
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