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荔枝EST-SSR核心标记的开发策略与多元应用探究

一、引言

1.1研究背景与意义

荔枝（LitchichinensisSonn.）作为无患子科荔枝属的重要热带亚热带果树，在全球水果产业中占据着举足轻重的地位。中国作为荔枝的原产地和最大生产国，拥有悠久的栽培历史和丰富的种质资源，其种植历史可追溯到两千多年前的汉代。广东作为荔枝种植大省，种植面积和产量均超过全国的1/2，占全球的1/3，温暖潮湿的气候和松软肥沃的土壤为荔枝提供了良好的生长环境，全省80多个县（市、区）均有荔枝种植。除中国外，越南、泰国、印度等国家也是荔枝的主要生产国。荔枝产业不仅为当地农民提供了重要的经济来源，也在国际贸易中扮演着重要角色。

在荔枝的遗传研究和育种工作中，分子标记技术发挥着关键作用。简单序列重复（SimpleSequenceRepeat，SSR）标记，因其具有数量丰富、多态性高、重复性好、共显性遗传等优点，被广泛应用于植物遗传多样性分析、品种鉴定、分子标记辅助育种等领域。而基于表达序列标签（ExpressedSequenceTag，EST）的SSR标记（EST-SSR），由于其来自于基因编码区，与功能基因紧密相关，不仅能够反映基因组的遗传变异，还能在一定程度上揭示基因的表达调控信息，为研究植物的遗传特性和功能提供了更直接的线索。开发荔枝EST-SSR核心标记，对于深入了解荔枝的遗传多样性、亲缘关系、进化历史，以及加速荔枝新品种的选育进程具有重要意义。通过这些标记，可以准确鉴定荔枝品种，防止品种混淆，保护优良品种的知识产权；在遗传多样性分析方面，能够为荔枝种质资源的收集、保存和利用提供科学依据；在分子标记辅助育种中，有助于缩短育种周期，提高育种效率，培育出更优质、高产、抗病的荔枝新品种，进一步推动荔枝产业的可持续发展。

1.2国内外研究现状

在荔枝EST-SSR标记开发方面，国内外学者已取得了一定的成果。孙清明等从自行构建的荔枝果皮发育关键期的cDNA文库中的1331条Unigene中搜索SSR位点，共搜索出220个SSR位点，分布于189条EST中，出现频率是16.53%，并设计合成150对EST-SSR引物，其中122对引物在荔枝中获得有效扩增，100对引物具有多态性，为利用EST-SSR标记开展荔枝遗传研究提供了基础。李明芳等从53对自主开发设计的SSR特异引物对中筛选出22对多态性引物，对46份荔枝材料的基因组DNA进行扩增，共得到54个等位基因，获得23个特异性标记，在荔枝种质遗传多样性分析中取得了重要进展。

在应用研究方面，EST-SSR标记已被用于荔枝种质资源的遗传多样性分析。有研究利用EST-SSR标记对多个荔枝品种进行分析，发现大多数种质相似系数在一定范围内，揭示了它们之间的亲缘关系较近，并发现部分品种可能存在同名异物的情况。在品种鉴定上，EST-SSR标记能够准确区分不同荔枝品种，为荔枝品种的准确识别和保护提供了有力工具。在分子标记辅助育种中，虽然相关研究相对较少，但已有学者尝试利用EST-SSR标记筛选与优良性状相关的标记，为荔枝育种提供了新的思路和方法。然而，目前已开发的荔枝EST-SSR标记数量仍相对有限，且在不同研究中存在标记通用性和稳定性的问题，在遗传图谱构建、基因定位等方面的应用还不够深入，有待进一步拓展和完善。

1.3研究目标与内容

本研究旨在开发一套高效、稳定的荔枝EST-SSR核心标记，并深入探讨其在荔枝遗传多样性分析、品种鉴定、亲缘关系分析以及分子标记辅助育种等方面的应用。具体研究内容包括：

基于荔枝现有EST数据库，利用生物信息学方法全面搜索SSR位点，分析其分布特征和重复基元类型，设计并合成大量EST-SSR引物。

通过实验验证，筛选出扩增效果好、多态性高、稳定性强的EST-SSR引物，构建荔枝EST-SSR核心标记库。

运用筛选出的核心标记，对不同来源的荔枝种质资源进行遗传多样性分析，评估其遗传多样性水平，揭示荔枝种质资源的遗传结构和分布规律。

利用核心标记建立荔枝品种的DNA指纹图谱，实现对荔枝品种的快速、准确鉴定，解决品种混淆和假冒问题。

基于EST-SSR标记分析荔枝种质间的亲缘关系，追溯荔枝品种的演化历史，为荔枝种质资源的合理利用和创新提供理论依据。

探索EST-SSR标记在荔枝分子标记辅助育种中的应用，筛选与重要农艺性状相关的分子标记，为荔枝新品种的选育提供技术支持。

1.4研究方法与技术路线

实验材料：收集来自不同地区、具有代表性的荔枝品种及野生近缘种，包括广东、广西、海南等地的常见栽培品种如妃子笑、糯米