结构生物学大分子模拟详解.pptVIP

结构生物学大分子模拟详解演示文稿;优选结构生物学大分子模拟;生物大分子的计算机模拟方法;量子力学;;分子力学;;分子动力学;;第一节生物大分子的计算机模拟;蛋白质三维结构的模建;模建（modeling）;;蛋白质结构的基本概念;?蛋白质分子的二级结构

(SecondaryStructure);蛋白质的三维结构;SecondaryStructuralElements;?a-helices;肽键的键长介于单键和双键之间，具有部分双键的性质，不能自由旋转。

;?螺旋;现在是21页\一共有65页\编辑于星期四;?-螺旋

?-helix;多肽链中的各个肽平面围绕同一轴旋转，形成螺旋结构，螺旋一周，沿轴上升的距离即螺距为0.54nm,含3.6个氨基酸残基；两个氨基酸之间的距离为0.15nm;

肽链内形成氢键，氢键的取向几乎与轴平行，第一个氨基酸残基的酰胺基团的-CO基与第四个氨基酸残基酰胺基团的-NH基形成氢键。

蛋白质分子为右手?-螺旋。;?螺旋;?螺旋;?螺旋;?回折;?-折叠;?-折叠结构的氢键主要是由两条肽链之间形成的；也可以在同一肽链的不同部分之间形成。几乎所有肽键都参与链内氢键的交联，氢键与链的长轴接近垂直。

?-折叠有两种类型。一种为平行式，即所有肽链的N-端都在同一边。另一种为反平行式，即相邻两条肽链的方向相反。;?-sheets;反平行?回折;?回折;?-转角

?-turn;β－转角靠第一个氨基酸残基的C=O和第四个氨基酸残基的NH形成氢键维持稳定，多数存在于球状蛋白质分子的表面。;无规则卷曲

也称自由回转或无规则线团

;蛋白质分子表面的环区域;蛋白质分子表面的环区域（LOOP）;不同种属的蛋白质氨基酸残基序列同源比较表明，某些残基的插入/缺失往往发生在环区域。在分子进化的过程中，蛋白质分子的内核要比环区域更稳定。由于环区域具有连接螺旋、回折的功能，故环区域通常参与形成蛋白质的“结合部位”或酶的“活性中心”。;;?多肽链折叠的主链构象角;描述蛋白质结构的扭角;蛋白质结构预测的从头计算;同源和比较模建方法;;同源和比较模建方法;生物信息学的基本策略;哪些共同特征?（1）;同源蛋白应该具有相对保守的功能

（催化同类化学反应、结合同类型的其他分子等）

蛋白质功能依赖于三维结构

按照上述原理，我们同样应该能够根据三维结构上的共同特征来判断蛋白质分子是否同源。

最简单:主链原子位置的均方根偏差(RMSD)

;生物信息学的基本策略（2）;关联关系的发现：数据搜集、特征提取与数据建模、参数估计的过程。知识发现。

关联关系的利用：数据检索、统计检验、实验验证的过程。知识利用。;数据搜集;根据进化特征对结构功能进行预测

保守性

绝对保守

相对保守(变异速率相对较慢,变异类型受到约束)

非保守

协变性或关联性

Conservationanalysis

Phylogeneticprofiling

Evolutionarytracing…

;可以在不同层次分析进化过程中的保守性与协变性;从相似性--〉同源性

序列相似，或者结构相似

发现和利用不同特征间的关联

NLS模式与核定位

利用同源序列对序列模式进行扩展

Swissprot数据库（uniProt知识库）

覆盖率、正确率是两个重要指标

利用进化特征

保守性／协变性

ConSurf对蛋白质序列各个位点的保守性进行分析，并投影到三维结构上，可能与功能相关联

;BLAST序列比对的实例;同源和比较模建方法;蛋白质折叠类型识别法;;蛋白质逆折叠模建

(1).反向折叠法

Inversefolding;orThreading

主要原理：将未知空间结构的蛋白质的氨基酸序列，和已知的蛋白质结构进行匹配，找出一种或几种匹配最好的结构，作为未知结构蛋白质的预测结构。

实现过程：总结出已知的独立的蛋白质结构模式，作为未知结构进行匹配的模板，然后用对现有数据库的学习，总结出可以区分正误结构的平均势函数，作为判别标准，来确定最好的匹配方式。

;(2).蛋白质序列镶嵌

1).基于经验势函数的方法

希望通过对已知结构的蛋白质进行结构分析，建立形式各异的势函数，用折叠构象的能量最低标准来指导目标蛋白质的序列镶嵌，看它能与哪个已知的结构模板相匹配。

2).基于剖面分析的方法3DProfile

建立一个3D剖面库，应用动态规划，把新序列与剖面库中的剖面进行比较，寻找最优匹配，对模建序列的空间结构进行预测。

(3).Threading方法的发展

;蛋白质三维结构的模建;蛋白质二级结构预测;;蛋白质结构预测方法准确性的评估;谢谢大家！