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暗纹东方鲀种群遗传多样性研究

一、引言

暗纹东方鲀（Takifuguobscurus）属鲀形目、鲀科、东方鲀属，是近海暖温水性底层鱼类，具有海淡水生殖洄游习性。其主要分布在中国的东海、黄海和渤海区域，是一种经济和营养价值很高的水产品。然而，近些年来，由于生态环境恶化、长江水文条件改变以及过度捕捞等原因，野生暗纹东方鲀资源枯竭现象日益严重，这不仅导致其种群数量急剧减少，还间接影响了养殖产业，造成养殖产量锐减、经济效益下降。因此，开展暗纹东方鲀的遗传多样性研究，对于其遗传改良、种质保护以及产业可持续发展具有至关重要的意义。

二、暗纹东方鲀生物学特性

2.1形态特征

暗纹东方鲀体型呈椭圆形，背部光滑，背鳍后移至尾柄处，与臀鳍上下对称，胸鳍宽大，头大，眼睛紧靠头顶，身体中央肥大呈圆筒形。其全身体色黄绿，背部有暗黑色花斑，腹部银白色。这种独特的外形特征有助于其在自然环境中进行伪装和防御。

2.2生活习性

暗纹东方鲀为近海和河口区温水性名贵底层鱼类。性成熟的亲鱼春末夏初由东海进入长江中下游产卵，幼鱼在淡水中育肥，第二年春天回归海中。其食性较广，主要以底栖生物为食，包括软体动物的乌贼、偏顶蛤，节肢动物中的虾蛄、蟹类和虾类，环节动物中的沙蚕，棘皮动物中的海胆、虾尾，也会捕食许多小型鱼类，如天竺鲷、提、嘏虎鱼等。同时，东方鲀属鱼类生性凶猛，在食物链中处于较高位置。

2.3繁殖习性

暗纹东方鲀性成熟早，怀卵量随鱼体的增长而增多，大型个体超过200万粒。中、小型种类产卵群体体长90-230毫米，以150-180毫米者占优势，体重45-420克，怀卵量13-29万粒。所有种类都属一次排卵类型，卵的孵化时间较长，需150-225个度日。产粘性卵，卵圆球形，多油球，卵径视种类不同而有所变动。

三、种群现状

暗纹东方鲀曾是长江下游的重要渔业捕捞对象之一，主要渔场在南京下游的沿江各县，尤以江阴和镇江龟山头附近为主。江苏省1954年长江产量约1000吨，但20世纪60年代后逐渐减少，1968年为130吨，1973年不足50吨，资源严重衰退，产量稀少。至2000年，长江下游已基本不见其踪影。目前，暗纹东方鲀的种群数量仍处于较低水平，面临着严峻的生存挑战。

四、遗传多样性研究方法

4.1分子标记技术

在暗纹东方鲀种群遗传多样性研究中，常用的分子标记技术包括微卫星标记和相关序列扩增多态性（SRAP）标记等。

4.1.1微卫星标记

微卫星又称简单重复序列（SSR），是一类由1-6个核苷酸为重复单位组成的串联重复序列，广泛分布于真核生物基因组中。其具有多态性高、共显性遗传、检测方便等优点。在暗纹东方鲀研究中，通过设计特异性引物对微卫星位点进行扩增，然后分析扩增产物的多态性，从而评估种群的遗传多样性。例如，有研究采用21对微卫星引物对广州、上海、江苏3个养殖群体的暗纹东方鲀进行遗传多样性分析，成功扩增出19个具有一定多态性片段的微卫星位点，共得到125个等位基因，每位点等位基因数为3-11，平均值为6.58，有效等位基因数为1.7-7.8，平均值为4.5，通过这些数据可以了解不同群体的遗传变异情况。

4.1.2SRAP标记

SRAP是一种基于PCR的新型分子标记技术，其原理是利用独特的引物设计对ORFs（开放阅读框）进行扩增。引物由17或18个核苷酸组成，包括核心序列和侧翼序列。该技术具有操作简单、重复性好、多态性丰富等特点。在对暗纹东方鲀的研究中，从49对引物组合中筛选出18对扩增条带清晰、稳定的引物组合对4个群体（1个长江捕捞群体、1个放流群体和2个养殖群体）进行扩增，共获得231个位点，其中多态位点数为156个，总多态位点百分率为67.53%，以此来分析群体间的遗传关系和多样性。

4.2数据分析方法

对于通过分子标记技术获得的数据，通常采用多种数据分析方法来深入挖掘其中的遗传信息。

4.2.1遗传多样性参数计算

计算一系列遗传多样性参数来评估种群的遗传状况，如多态位点比例、Nei’s基因多样性指数（H）、Shannon多样性指数（I）等。多态位点比例反映了种群中具有多态性的位点在总位点中的占比，比例越高说明种群的遗传多样性越丰富。Nei’s基因多样性指数和Shannon多样性指数则综合考虑了等位基因的频率和数量，能够更全面地衡量种群的遗传变异程度。例如，在对4个暗纹东方鲀群体的研究中，4个群体内多态位点比例为54.98%-58.87%，群体的Nei’s基因多样性指数（H）为0.1992-0.2005，群体Shannon多样性指数（I）为0.2953