蔷薇科五物种SPL基因家族全基因组鉴定及森林草莓表达特性解析.docxVIP

蔷薇科五物种SPL基因家族全基因组鉴定及森林草莓表达特性解析

一、引言

1.1研究背景

蔷薇科（Rosaceae）是被子植物中的一个重要科，包含了许多具有重要经济价值的植物，如苹果、梨、桃、草莓、樱桃等水果，以及玫瑰、月季等观赏花卉。这些植物不仅为人类提供了丰富的食物和观赏资源，还在生态系统中发挥着重要作用。随着基因组学技术的快速发展，多个蔷薇科物种的全基因组测序已经完成，为深入研究蔷薇科植物的基因家族提供了良好的基础。

SPL（SQUAMOSAPROMOTERBINDINGPROTEIN-LIKE）基因家族是植物特有的一类转录因子，在植物的生长、发育和胁迫响应等过程中发挥着关键作用。SPL基因家族成员通过与特定的DNA序列结合，调控下游基因的表达，从而参与植物的多个生理过程，如开花时间的调控、花器官的发育、叶片的形态建成、植物的衰老以及对生物和非生物胁迫的响应等。例如，在拟南芥中，SPL基因家族成员参与了从营养生长到生殖生长的转变过程，调控开花时间和花器官的发育；在水稻中，SPL基因家族成员参与了叶片的形态建成和穗的发育过程。因此，对SPL基因家族的研究有助于深入了解植物的生长发育机制和应对环境胁迫的策略。

尽管在一些模式植物中对SPL基因家族已有较多研究，但在蔷薇科植物中，关于SPL基因家族的全基因组鉴定和功能分析还相对较少。蔷薇科植物具有丰富的物种多样性和重要的经济价值，对其SPL基因家族的研究不仅有助于揭示蔷薇科植物的生长发育调控机制，还可能为蔷薇科植物的遗传改良提供理论基础和基因资源。因此，开展五个蔷薇科物种SPL基因家族的全基因组鉴定及其在森林草莓中的表达分析具有重要的理论和实践意义。

1.2SPL基因家族概述

SPL基因家族属于植物特有的一类转录因子，其成员编码的蛋白质通常含有一个高度保守的DNA结合结构域，称为SBP（SQUAMOSAPROMOTERBINDINGPROTEIN）结构域。该结构域大约由76-80个氨基酸组成，包含两个锌指结构（Zn-1和Zn-2）和一个核定位信号（NLS），这些结构特征使得SPL蛋白能够特异性地结合到DNA序列上，调控下游基因的转录表达。

SPL基因家族成员在植物的生长发育过程中发挥着广泛而重要的作用。在营养生长阶段，SPL基因参与调控植物的形态建成，包括叶片的形态、大小和数量，以及茎的伸长和分枝等。研究发现，在拟南芥中，SPL13基因是控制植物细胞分裂活性和分裂方向的关键基因，通过影响SPL13的表达可以改变根系细胞的分裂方向，导致根系形态的变化。在生殖生长阶段，SPL基因在开花时间的调控和花器官的发育中起着核心作用。许多SPL基因能够整合多种开花信号途径，如光周期途径、春化途径和自主途径等，通过调控下游开花相关基因的表达，精确地控制植物的开花时间，确保植物在适宜的环境条件下进行繁殖。SPL基因还参与调控花器官的形态建成和结构完整性，影响雄蕊、雌蕊和花瓣等花器官的发育。

除了生长发育过程，SPL基因家族还在植物应对生物和非生物胁迫中发挥重要作用。在非生物胁迫方面，如盐胁迫、干旱胁迫和高温胁迫等，SPL基因可通过调控相关基因的表达，调节植物体内的离子平衡、渗透压和水分代谢等生理过程，增强植物的抗逆性。研究表明，在盐胁迫条件下，某些SPL基因能够上调一些离子转运蛋白基因的表达，促进植物对钠离子的外排和钾离子的吸收，从而维持细胞内的离子平衡，提高植物的耐盐能力。在生物胁迫方面，SPL基因参与植物的免疫防御反应，通过调控相关防御基因的表达，增强植物对病原菌的抵抗力。

1.3研究目的与意义

本研究旨在对五个蔷薇科物种（苹果、桃、草莓、梨和玫瑰）的SPL基因家族进行全基因组鉴定和分析，包括基因的结构特征、染色体定位、系统进化关系等，并进一步研究森林草莓中SPL基因的表达模式，以期揭示蔷薇科植物SPL基因家族的进化规律和功能特点。

通过对五个蔷薇科物种SPL基因家族的全基因组鉴定和分析，能够全面了解蔷薇科植物SPL基因家族的组成和结构特征，为后续深入研究SPL基因的功能提供基础。研究森林草莓中SPL基因的表达模式，可以初步揭示SPL基因在蔷薇科植物生长发育过程中的作用机制，为进一步研究SPL基因在蔷薇科植物中的功能提供线索。此外，本研究的结果还可能为蔷薇科植物的遗传改良提供理论依据和基因资源，有助于培育出具有优良性状的新品种，提高蔷薇科植物的经济价值和生态价值。

二、材料与方法

2.1实验材料

五个蔷薇科物种（苹果、桃、草莓、梨和玫瑰）的基因组数据均下载自NCBI（NationalCenterforBiotechnology