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尖鳍鮈线粒体基因组与系统发育研究

目录

尖鳍鮈线粒体基因组与系统发育研究（1）．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

文档简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

1.2研究目的与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

1.3研究方法与技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

尖鳍鮈线粒体基因组的基本信息．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

2.1线粒体基因组的结构与特点．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

2.2线粒体基因组的复制与转录．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

2.3线粒体基因组的进化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

尖鳍鮈线粒体基因组分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

3.1基因组的测序与组装．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

3.2基因组的注释与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

3.3线粒体基因组的多样性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

尖鳍鮈的系统发育研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30

4.1标本采集与分类．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32

4.2系统发育分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34

4.3系统发育树构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35

4.4系统发育结果与讨论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37

结论与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41

5.1主要研究结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42

5.2学术意义与应用价值．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．49

5.3未来研究方向．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．50

尖鳍鮈线粒体基因组与系统发育研究（2）．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．53

一、文档综述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．53

（一）研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．54

（二）研究意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．55

二、材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．58

（一）样本采集．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．59

（二）分子生物学实验．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．61

（三）数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．62

三、尖鳍鮈线粒体基因组结构与特征．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．65

（一）线粒体基因组大小与形态．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．66

（二）基因排列顺序与编码序列．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．71

（三）基因与基因间关系．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．73

四、尖鳍鮈线粒体基因组系统发育关系分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．73

（一）基于邻接法的系统发育树构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．78

（二）基于最大简约法的系统发育树构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．78

（三）基于最大似然法的系统发育树构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．83

五、尖鳍鮈线粒体基因组遗传多样性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．84

（一）遗传多样性分布特点．．．．．．．．．．