2025年ATAC-seq数据分析与chromatin开放性研究考核试卷.docVIP

2025年ATAC-seq数据分析与chromatin开放性研究考核试卷

一、单项选择题（共30题，每题1分）

1.ATAC-seq技术主要研究什么？

A.DNA序列变异

B.蛋白质表达

C.染色质开放性

D.RNA剪接

2.ATAC-seq数据分析中，常用的峰叫什么？

A.SNP

B.InDel

C.Peak

D.SNP

3.ATAC-seq实验中，常用的染色剂是什么？

A.EdU

B.DAPI

C.Cy3

D.AT

4.ATAC-seq数据分析中，常用的软件是什么？

A.Samtools

B.GATK

C.MACS2

D.BLAST

5.ATAC-seq实验中，常用的细胞类型是什么？

A.神经元

B.肌肉细胞

C.器官细胞

D.上皮细胞

6.ATAC-seq数据分析中，常用的参数是什么？

A.FPKM

B.TPM

C.Peakcalling

D.Alignment

7.ATAC-seq实验中，常用的实验设计是什么？

A.重复实验

B.对照实验

C.双盲实验

D.三盲实验

8.ATAC-seq数据分析中，常用的统计学方法是什么？

A.t-test

B.ANOVA

C.PCA

D.Clustering

9.ATAC-seq实验中，常用的质量控制指标是什么？

A.RIN

B.Q30

C.GC含量

D.SNR

10.ATAC-seq数据分析中，常用的可视化工具是什么？

A.Heatmap

B.PCA

C.K-means

D.t-SNE

11.ATAC-seq实验中，常用的预处理方法是什么？

A.去除接头

B.去除重复

C.去除低质量读数

D.以上都是

12.ATAC-seq数据分析中，常用的差异分析方法是？

A.DESeq2

B.edgeR

C.limma

D.以上都是

13.ATAC-seq实验中，常用的测序深度是多少？

A.10X

B.20X

C.30X

D.40X

14.ATAC-seq数据分析中，常用的峰识别算法是什么？

A.MACS2

B.SICER

C.HOMER

D.以上都是

15.ATAC-seq实验中，常用的染色质标记是什么？

A.H3K4me3

B.H3K27me3

C.H3K9me3

D.H3K27ac

16.ATAC-seq数据分析中，常用的富集分析方法是什么？

A.GOenrichment

B.KEGGenrichment

C.Reactomeenrichment

D.以上都是

17.ATAC-seq实验中，常用的细胞因子是什么？

A.TNF-α

B.IL-6

C.IFN-γ

D.以上都是

18.ATAC-seq数据分析中，常用的主题分析方法是什么？

A.PLSA

B.NMF

C.LDA

D.以上都是

19.ATAC-seq实验中，常用的组织是什么？

A.肝脏

B.肺脏

C.肾脏

D.以上都是

20.ATAC-seq数据分析中，常用的通路分析方法是？

A.KEGG

B.Reactome

C.GO

D.以上都是

21.ATAC-seq实验中，常用的药物是什么？

A.化疗药物

B.免疫药物

C.抗炎药物

D.以上都是

22.ATAC-seq数据分析中，常用的聚类分析方法是什么？

A.K-means

B.Hierarchicalclustering

C.DBSCAN

D.以上都是

23.ATAC-seq实验中，常用的细胞培养条件是什么？

A.DMEM

B.FBS

C.双抗

D.以上都是

24.ATAC-seq数据分析中，常用的可及性评分方法是？

A.ATAC-seqaccessibilityscore

B.DNAse-seqaccessibilityscore

C.ATAC-seqcoveragescore

D.以上都是

25.ATAC-seq实验中，常用的染色质重塑复合物是什么？

A.SWI/SNF

B.ISWI

C.INO80

D.以上都是

26.ATAC-seq数据分析中，常用的机器学习方法是什么？

A.SVM

B.RandomForest

C.NeuralNetwork

D.以上都是

27.ATAC-seq实验中，常用的样本量是多少？

A.3

B.5

C.10

D.20

28.ATAC-seq数据分析中，常用的错误率控制方法是？

A.Bonferronicorrection

B.FDR

C.p-value

D.以上都是

29.ATAC-seq实验中，常用的细胞分化状态是什么？

A.多能性

B.分化

C.重编程

D.以上都是

30.ATAC-seq数据分析中，常用的生物学通路是什么？

A.MAPK

B.Wnt

C.Notch

D.以上都是

二、多项选择题（共20题，每题2分）

1.ATAC-seq技术可以研究哪些方面？

A.染色质开放性

B.转录因子结合位点

C.DNA序列变异

D.蛋白质表达

2.ATA