结构生物信息学基础知识.ppt

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（优选）结构生物信息学基础知识第二页，共四十五页。

生物学两种主要信息载体生物基础核酸分子与蛋白质分子第三页，共四十五页。

核酸分子生物基础核酸的基本单元式核苷酸。核苷酸有一个磷酸基团、一个糖基团和一个含有氮原子的碱基基团构成。根据糖基不同，核苷酸可分为：脱氧核糖核苷酸核糖核苷酸碱基糖基磷酸DNA(脱氧核糖核酸)RNA(核糖核酸)核苷+磷酸碱基+糖基核苷酸核酸聚合第四页，共四十五页。

核酸分子–DNA和RNA生物基础DNA的磷酸基团和糖基团都相同，碱基分为4种类型：腺嘌呤--A鸟嘌呤--G胞嘧啶--C胸腺嘧啶--TA只能与T配对C只能与G配对ACGT第五页，共四十五页。

核酸分子–DNA和RNA生物基础多个脱氧核苷酸通过5’和3’形成磷酸二酯键连接而成的长DNA单链。通过碱基互补配对形成互补链，两条相互平行的DNA单链形成双螺旋结构。A--UC--GG--URNA通常是单链形式。RNA只有尿嘧啶（U）而没有胸腺嘧啶（T）DNA主要存在于细胞核内，RAN在细胞核外也存在。配对原则：第六页，共四十五页。

蛋白质分子–生命活动的执行者生物基础蛋白质是由氨基酸通过肽键相链接形成的聚合物。氨基酸-蛋白质的基本组成单位，存在自然界中的氨基酸有300余种，但组成人体蛋白质的氨基酸仅有20种。氨基酸有一个位于中心的碳原子(Cα)以及用共价键相连的四个基团组成。氨基酸的通式RCα氨基羧基侧链甘氨酸HCH3丙氨酸氨基酸之间的差异主要体现在侧链部分第七页，共四十五页。

蛋白质分子–生命活动的执行者生物基础20种标准氨基酸氨基酸名称英文缩写简写氨基酸名称英文缩写简写甘氨酸GlyG丝氨酸SerS丙氨酸AlaA苏氨酸ThrT缬氨酸ValV天冬酰胺AsnN异亮氨酸IleI谷酰胺GlnQ亮氨酸LeuL酪氨酸TyrY苯丙氨酸PheF组氨酸HisH脯氨酸ProP天冬氨酸AspD甲硫氨酸MetM谷氨酸GluE色氨酸TrpW赖氨酸LysK半胱氨酸CysC精氨酸ArgR第八页，共四十五页。

蛋白质分子–生命活动的执行者生物基础氨基酸之间的差异主要体现在侧链部分氨基酸的侧链决定了不同氨基酸的物理化学性质RCα氨基羧基侧链第九页，共四十五页。

蛋白质分子–生命活动的执行者生物基础氨基酸的分类碱性氨基酸酸性氨基酸极性中性氨基酸非极性疏水氨基酸第十页，共四十五页。

蛋白质分子的结构生物基础第十一页，共四十五页。

蛋白质分子的结构生物基础蛋白质的一级结构定义：蛋白质的一级结构指多肽链中氨基酸的排列顺序。主要化学键：肽键一级结构是蛋白质空间构象和特异生物功能的基础。胰岛素的一级结构第十二页，共四十五页。

蛋白质分子的结构生物基础蛋白质的二级结构定义：蛋白质分子中某一段肽链的局部空间结构，即该段肽链主链骨架原子的相对空间位置，并不涉及氨基酸残基侧链的构象。主要化学键：氢键HHHH肽单元(peptideunit)第十三页，共四十五页。

蛋白质分子的结构生物基础肽平面及二面角第十四页，共四十五页。

蛋白质分子的结构生物基础二级结构主要有以下几种形式:?螺旋(?-helix)?折叠(?-sheet)?转角(?-turn)无规卷曲(coil) 多肽链中有60%的区段为?螺旋和?折叠第十五页，共四十五页。

蛋白质分子的结构生物基础?-螺旋多肽链主链围绕中心轴形成右手螺旋状结构，侧链伸向螺旋外侧每个氨基酸残基（第n个）的羰基与多肽链C端方向的第4个残基（第4+n个）的酰胺氮形成氢键第十六页，共四十五页。

蛋白质分子的结构生物基础?-折叠多肽链充分伸展，相邻肽单元之间折叠成锯齿状结构，侧链位于锯齿结构的上下方两段以上的β-折叠结构平行排列，两链间可顺向平行，也可反向平行两链间的肽键之间形成氢键，以稳固β-折叠结构。氢键与螺旋长轴垂直。第十七页，共四十五页。

蛋白质分子的结构生物基础?-转角含4个氨基酸残基，第一个残基的CO基团和第四个残基的NH基团之间形成氢键，使多肽链的方向发生“U”形改变。第十八页，共四十五页。

蛋白质分子的结构生物基础超二级结构在蛋白质分子中，特别是球状蛋白质中，由若干相邻的二级结构单元(即α-螺旋、β-折叠和β-转角等)彼此相互作用组合在一起，，形成有规则、在空间上能辨认的二级结构组合体，充当三级结构的构件单元，称超二级结构。第十九页，共四十五页。

蛋白质分子的结构生物基础蛋白质三级结构在二级结构基础上的肽链再折叠形成的构象。整条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置，即肽链中所有原子在三维空间的排布位置。第二十页，共四十五页。

蛋白质分子的结构生物基础结构域（domain）多肽链在超二级结构基础上进一步绕曲折叠而成的相对独