2025年大学《分子科学与工程》专业题库—— 分子动力学模拟与分析技术.docxVIP

2025年大学《分子科学与工程》专业题库——分子动力学模拟与分析技术

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、选择题（每题2分，共20分。请将正确选项的字母填在题后的括号内）

1.分子动力学模拟主要基于哪个基本定律？（）

A.热力学第零定律

B.牛顿运动定律

C.热力学第一定律

D.热力学第二定律

2.在分子动力学模拟中，引入周期性边界条件的最主要目的是？（）

A.减少计算量

B.模拟真实有限大小系统

C.消除表面效应

D.使系统能量守恒

3.下列哪个力场通常更适用于模拟气体体系？（）

A.AMBER

B.CHARMM

C.OPLS

D.MM2

4.在NPT系综的分子动力学模拟中，系统体积会根据温度和压力的变化而改变，这主要是为了？（）

A.保持系统平均粒子数不变

B.模拟恒定温度和体积下的系统

C.模拟恒定温度和压力下的系统

D.使系统总能保持恒定

5.径向分布函数（RDF）主要反映了？（）

A.系统的总能量随时间的分布

B.系统中粒子速度的分布

C.系统中粒子间距离的分布概率

D.系统温度随时间的波动

6.均方位移（MSD）的主要物理意义是？（）

A.系统的平均势能

B.系统的平均动能

C.系统粒子随时间运动的平均距离的平方

D.系统的扩散系数

7.分子动力学模拟得到的是？（）

A.系统的瞬时性质

B.系统的统计平均性质

C.系统的平衡性质

D.系统的唯象性质

8.在分子动力学模拟中，对所有原子进行全约束平动和转动，通常是为了？（）

A.加快模拟速度

B.模拟溶液中的小分子

C.模拟刚性蛋白质

D.模拟气相中的小分子

9.下列哪个物理量在分子动力学模拟中通常通过系综平均来计算？（）

A.原子坐标

B.原子速度

C.系统压力

D.原子位置矢量

10.分子对接技术的核心目标是？（）

A.模拟分子的热运动

B.计算分子的光谱性质

C.预测分子间的结合模式和亲和能

D.构建分子的三维结构

二、填空题（每空2分，共20分。请将答案填在横线上）

1.分子动力学模拟的基本思想是通过对粒子系统的________运动进行数值积分，从而获得系统随时间的演化轨迹，并进而计算系统的宏观性质。

2.常用的非键截断方法有________和________两种。

3.力场参数化的目的是为了得到原子间的相互作用势能函数中________和________的具体数值。

4.分子动力学模拟中常用的积分算法有________、________和隐式算法。

5.径向分布函数的第一峰反映了________之间的平均距离。

6.计算自由能的分子动力学方法主要有________、________和MBAR等方法。

7.在NVT系综下，通过调整系统的________来控制系统的温度。

8.周期性边界条件可以消除系统表面的________效应。

9.分子动力学模拟得到的轨迹数据需要进行________才能获得有意义的物理性质。

10.分子动力学模拟在药物设计中可用于________和________。

三、简答题（每题5分，共15分）

1.简述分子动力学模拟与蒙特卡洛模拟的主要区别。

2.解释什么是系综，并简述NVT和NPT系综的物理意义及适用场景。

3.简述分子动力学模拟的一个完整流程，包括关键步骤和目的。

四、计算题（共10分）

假设一个由N个水分子组成的简单液相系统，在NVT系综下进行分子动力学模拟。系统体积V保持不变，温度T通过Nosé-Hoover热浴进行控制。模拟时间为t，计算过程中测得系统在一个时间步长Δt内的动能变化为ΔK。请推导该系统在该时间步长内的温度变化表达式（即Nosé-Hoover温度控制器的核心更新方程中的温度部分变化关系，无需写出完整的微分方程组）。

五、论述题（共15分）

结合你所学的分子动力学模拟知识，论述分子动力学模拟在预测材料表面性质方面的应用潜力与面临的挑战。请从模拟方法、可预测性质、现有局限性以及未来发展方向等方面进行阐述。

试卷答案

一、选择题