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发酵食品菌群动态演变规律研究
目录
内容概览．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.1.1发酵食品概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
1.1.2肠道菌群与健康．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11
1.1.3发酵食品与肠道菌群互作研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
1.2国内外研究进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15
1.2.1发酵食品中微生物群落结构．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
1.2.2发酵过程中菌群动态变化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18
1.2.3肠道菌群与人体健康关系．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20
1.3研究目的与内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23
1.4研究方法与技术路线．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26
研究材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
2.1试验样品采集．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
2.1.1样本来源．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30
2.1.2样本采集方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
2.2试验菌株分离与培养．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34
2.2.1菌株分离．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
2.2.2菌株鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37
2.3发酵试验设计．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
2.3.1发酵工艺．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
2.3.2发酵条件控制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39
2.4肠道菌群分析技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43
2.4.1宏基因组测序．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47
2.4.2高通量测序数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．48
2.5数据分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．50
2.5.1统计分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．53
2.5.2药物动力学模型建立．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．54
结果与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．56
3.1发酵食品中微生物群落多样性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．58
3.1.1菌群组成分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．59
3.1.2这样指数分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．62
3.2发酵过程中菌群动态演替规律．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．64
3.2.1门水平菌群变化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．65
3.2.2属水平菌群演变．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．68
3.2.3特定优势菌分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．69
3.3肠道菌群与发酵食品互作机制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．73
3.3.1发酵食品对菌群结构影响．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．76
3.3.2菌群对发酵食品代谢影响．
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