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中国农业科技导报，2024，26（4）：27-36

JournalofAgriculturalScienceandTechnology

藜麦CqGAI基因密码子偏好性与进化分析

11*212

丰扬，郭凤根，王仕玉，刘正杰，龙雯虹

（1.云南农业大学农学与生物技术学院，昆明650201；2.云南农业大学园林园艺学院，昆明650201）

摘要：为了阐明藜麦CqGAI基因密码子使用特性，克隆获得藜麦CqGAI基因序列，运用CodonW、SPSS软件及

EMBOSS在线程序分析藜麦CqGAI基因密码子使用偏好性，并与25种植物的GAI基因进行中性绘图、ENC分析

和奇偶偏好偏差性分析。结果表明，藜麦CqGAI基因编码序列（codingsequence，CDS）全长1782bp，编码593个

氨基酸，包含DELLA基因家族特有结构域DELLA、TVHYNP、NLS、VHIID、LHR、RVER；CqGAI基因能够迅速响应

赤霉素（gibberellins，GA），在GA信号通路中起关键作用；密码子偏好性分析显示，CqGAI基因的有效密码子数

（effectivenumberofcodon，ENC）、密码子适应指数（codonadaptationindex，CAI）及GC含量分别为54.14、0.21和

46.18%，密码子偏好性较弱，偏好以A/T结尾，有27个高频密码子。聚类分析表明，藜麦CqGAI基因与石竹目

植物的亲缘关系较近。碱基组成与相关性分析发现，CqGAI基因密码子偏好性受碱基突变和选择效应影响。

密码子使用频率表明，大肠杆菌与酵母菌均适用于藜麦CqGAI基因异源表达，拟南芥、烟草、甜菜均可作为藜

麦CqGAI基因功能分析的遗传转化受体。以上研究结果为进一步研究藜麦CqGAI基因功能和异源表达提供了

重要参考。

关键词：藜麦；CqGAI基因；密码子偏好性；进化分析

doi：10.13304/j.nykjdb.2023.0125

中图分类号：S516文献标志码：A文章编号：1008­0864（2024）04­0027­10

CodonBiasandEvolutionAnalysisofCqGAIinChenopodiumquinoa

11*212

FENGYang，GUOFenggen，WANGShiyu，LIUZhengjie，LONGWenhong

（1.CollegeofAgronomyandBiotechnology，YunnanAgriculturalUniversity，Kunming650201，China；2.Collegeof

HorticultureandLandscape，YunnanAgriculturalUniversity，Kunming650201，China）

Abstract：ToclarifythecodonusagecharacteristicsofCqGAIgene，thesequenceofCqGAIgenewascloned.The

codonusagepreferenceofCqGAIgenewasanalyze