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2025年大学《生物信息学》专业题库——免疫新模式和免疫学新药发现生物信息学研究

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、

简述单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的基本原理及其在免疫学研究中的独特优势。列举至少三种常用的scRNA-seq数据分析流程，并简要说明每一步的核心目的。

二、

在免疫学新药发现中，药物靶点识别是关键环节。请列举至少四种基于生物信息学的方法或数据库用于药物靶点预测，并简要说明其中一种方法的原理和应用场景。

三、

免疫检查点抑制剂是当前免疫治疗的热点。请简述PD-1/PD-L1相互作用的基本机制，并列举至少三种利用生物信息学方法研究PD-1/PD-L1通路或发现相关药物靶点的策略。

四、

疫苗设计是应对传染病的有效手段。请简述基于蛋白质序列进行抗原表位预测的生物信息学方法的基本原理。说明在疫苗设计过程中，除了抗原表位预测，还需要考虑哪些生物信息学因素？

五、

单克隆抗体药物已成为重要的免疫治疗工具。请简述从B细胞分选、重链可变区和轻链可变区（VH/VL）测序到CDR区识别和抗体结构预测的生物信息学分析流程。指出该流程中可能遇到的挑战之一，并提出相应的解决方案。

六、

药物的安全性评估至关重要。请简述生物信息学在药物ADMET预测中常用的数据库或方法类型。选择一种ADMET特性（如毒性），说明利用生物信息学方法预测该特性主要涉及哪些步骤和考量。

七、

比较单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组测序（SpatialTranscriptomics）在免疫学研究中的异同点。针对空间转录组数据的特点，简述其生物信息学分析相较于传统scRNA-seq数据分析需要考虑的关键差异。

八、

网络药理学是连接药物、靶点与疾病之间关系的重要工具。请简述利用网络药理学分析免疫相关药物作用机制的基本思路。说明在网络药理学分析中，整合哪些类型的数据可能有助于更全面地理解药物作用。

九、

假设计定一项研究任务：利用公开的肿瘤免疫微环境单细胞多组学数据集，鉴定肿瘤相关巨噬细胞（TAM）的不同亚群，并分析其与肿瘤免疫抑制相关的基因表达特征。请设计一个包含数据预处理、分析及解读的详细生物信息学研究方案概述。

十、

讨论将人工智能（AI）技术应用于免疫学新药发现的可能性与优势。列举至少两个AI技术在免疫药物研发中潜在的应用方向，并简述其基本原理。

试卷答案

一、

原理：scRNA-seq通过逆转录将单细胞中的RNA转化为cDNA，然后进行测序，从而获取每个单细胞的转录组信息。其核心优势在于能够从转录水平上对单个细胞进行精细分析，揭示细胞异质性、识别稀有细胞类型、追踪细胞命运和动态变化，为研究复杂免疫反应和疾病机制提供单细胞分辨率的生物学见解。

常用分析流程及目的：

1.数据预处理和质量控制：对原始测序数据进行清洗，去除低质量细胞和基因，目的是保证后续分析的数据准确性和可靠性。

2.降维与可视化：使用PCA、t-SNE或UMAP等方法对高维数据进行降维，并绘制降维图，目的是减少数据维度，可视化细胞群体结构和异质性，初步发现潜在细胞群。

3.细胞聚类与质控：基于细胞间基因表达相似性进行聚类，并进一步进行细胞类型注释和质控，目的是识别和分离不同的细胞类型或细胞状态，确保分析单元的合理性。

二、

方法/数据库：

1.基因组数据库（如GenBank,RefSeq）：提供基因序列信息。

2.蛋白质功能数据库（如Swiss-Prot,PDB）：提供蛋白质结构、功能和注释信息。

3.药物靶点数据库（如TTD,STITCH,DrugBank）：收集已知药物靶点和潜在药物靶点的信息。

4.通路与交互数据库（如KEGG,Reactome,STRING）：提供生物通路和蛋白质/基因相互作用网络信息。

5.计算预测模型/算法：如基于序列特征、结构模拟、分子对接等的预测方法。

方法原理与应用场景（以TTD为例）：TTD（TherapeuticTargetDatabase）收集了大量的已发表药物及其靶点信息。其原理是利用数据库中已知的“药物-靶点”关联进行信息扩展或模式识别。应用场景包括：筛选与特定疾病相关的潜在药物靶点，评估候选靶点的成药性（如看是否已有药物靶向），辅助新药发现项目的靶点选择。

三、

相互作用机制：PD-1（程序性死亡受体1）是一种表达于免疫细胞（如T细胞）表面的受体，其配体PD-L1（程序性死亡配体1）表达于多种细胞（如肿瘤细胞、巨噬细胞）。PD-1与PD-L1结合后，向T细胞发送抑制信号，抑制T细胞的增殖、细胞因子分泌和细胞毒性，从而抑制免疫应答。

生物信息学策略：

1.基因/蛋白表达分析：在肿瘤组织、免疫