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生物信息分析师考试试卷
一、单项选择题(共10题,每题1分,共10分)
以下哪种文件格式仅包含核酸序列及其标识符,不包含质量值信息?
A.FASTQ
B.FASTA
C.BAM
D.VCF
答案:B
解析:FASTA格式的典型结构为“标识符”行后接序列字符串,仅包含序列和标题;FASTQ(A)包含序列、质量值;BAM(C)是压缩的比对文件,含位置信息;VCF(D)用于存储变异信息。
常用于评估高通量测序数据质量的工具是?
A.BWA
B.GATK
C.FastQC
D.DESeq2
答案:C
解析:FastQC(C)专门用于生成测序数据质量报告(如GC含量、序列长度分布);BWA(A)是比对工具,GATK(B)用于变异检测,DESeq2(D)用于差异表达分析。
全基因组关联分析(GWAS)的核心目的是?
A.检测基因表达差异
B.识别与表型相关的遗传变异
C.预测蛋白质三维结构
D.构建系统发育树
答案:B
解析:GWAS通过关联分析寻找与疾病或性状显著相关的单核苷酸多态性(SNP),即B;A是转录组分析目的,C是蛋白质结构预测,D是进化分析。
以下哪个数据库主要存储蛋白质序列及功能注释?
A.NCBIGenBank
B.Ensembl
C.UniProt
D.GEO
答案:C
解析:UniProt(C)是蛋白质序列与功能信息的核心数据库;GenBank(A)和Ensembl(B)侧重核酸序列,GEO(D)存储基因表达数据。
比对短读长测序数据到参考基因组时,最常用的工具是?
A.Bowtie2
B.HMMER
C.ClustalW
D.IGV
答案:A
解析:Bowtie2(A)是短读长比对的经典工具;HMMER(B)用于同源序列搜索,ClustalW(C)是多序列比对工具,IGV(D)是可视化工具。
变异注释工具ANNOVAR的主要功能是?
A.检测SNP和Indel
B.对变异的功能影响进行分类
C.校正测序错误
D.计算基因表达量
答案:B
解析:ANNOVAR(B)通过数据库(如RefSeq、dbSNP)注释变异的位置(外显子/内含子)、功能(同义/错义突变)等;A是GATK的功能,C是碱基校正步骤,D是RNA-seq分析内容。
单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据中,“细胞过滤”步骤的主要目的是?
A.去除低质量细胞(如线粒体基因比例过高)
B.合并不同样本的测序数据
C.计算基因表达量矩阵
D.预测细胞间的调控关系
答案:A
解析:细胞过滤(A)通过线粒体基因比例、检测到的基因数等指标排除死亡或破碎的细胞;B是数据整合,C是定量步骤,D是下游分析。
系统发育树构建中,“邻接法(Neighbor-Joining)”属于哪种方法?
A.最大似然法
B.贝叶斯推断法
C.距离矩阵法
D.最大简约法
答案:C
解析:邻接法(C)基于序列间的遗传距离构建树,属于距离矩阵法;最大似然(A)和贝叶斯(B)依赖概率模型,最大简约(D)寻找最小突变次数的树。
以下哪种数据格式用于存储比对后的测序数据?
A.FASTA
B.BAM
C.VCF
D.GTF
答案:B
解析:BAM(B)是SAM的二进制压缩格式,存储比对位置、质量等信息;FASTA(A)是原始序列,VCF(D)是变异信息,GTF(D)是基因注释。
DESeq2在差异表达分析中默认使用的统计模型是?
A.正态分布
B.泊松分布
C.负二项分布
D.卡方分布
答案:C
解析:DESeq2(C)假设基因表达量服从负二项分布(考虑过离散性),适用于RNA-seq数据的计数特性;泊松分布(B)未考虑过离散,正态分布(A)适用于连续数据。
二、多项选择题(共10题,每题2分,共20分)
高通量测序(NGS)数据分析的基本流程包括以下哪些步骤?
A.原始数据质量控制(QC)
B.序列比对到参考基因组
C.蛋白质纯化与结晶
D.变异检测与注释
答案:ABD
解析:NGS数据分析流程包括QC(A)、比对(B)、变异检测(D);蛋白质纯化(C)是实验步骤,非数据分析内容。
以下哪些工具可用于多序列比对(MSA)?
A.ClustalW
B.MUSCLE
C.BLAST
D.MAFFT
答案:ABD
解析:ClustalW、MUSCLE、MAFFT均为多序列比对工具;BLAST(C)是序列相似性搜索工具。
基因组注释的主要内容包括?
A.基因结构预测(外显子/内含子)
B.非编码RNA识别
C.变异频率统计
D.重复序列标注
答案:ABD
解析:基因组注释包括基因结构(A)、非编码RNA(B)、重复序列(D);变异频率(C)是变异检测后的分析。
单细胞RNA-seq数据分析的关
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