2025年大学《整合科学》专业题库—— 蛋白质结构预测与计算生物学的结合.docxVIP

2025年大学《整合科学》专业题库——蛋白质结构预测与计算生物学的结合

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、选择题（请将正确选项的字母填入括号内）

1.蛋白质的一级结构指的是？

A.蛋白质的空间折叠方式

B.氨基酸残基的排列顺序

C.蛋白质亚基的组成

D.蛋白质与配体的结合界面

2.下列哪项技术属于基于模板的蛋白质结构预测方法？

A.分子动力学模拟

B.基于物理的能量函数方法（如Rosetta）

C.序列比对和模板搜索

D.基于深度学习的AlphaFold方法

3.X射线晶体学测定蛋白质结构的主要依据是？

A.蛋白质分子中的氢键相互作用

B.X射线与蛋白质原子发生衍射的现象

C.蛋白质表面的电荷分布

D.核磁共振信号的非相干散射

4.在蛋白质结构预测中，能量函数通常用于？

A.模拟蛋白质在溶液中的动态行为

B.衡量蛋白质构象的稳定性

C.比较不同序列之间的相似度

D.预测蛋白质的二级结构元件

5.AlphaFold2等基于深度学习的结构预测方法主要利用了什么类型的模型？

A.贝叶斯网络

B.支持向量机

C.循环神经网络（RNN）和Transformer

D.负二项回归

6.分子对接技术的主要目的是？

A.预测蛋白质的三维结构

B.比较两个蛋白质结构的相似性

C.预测蛋白质的二级结构

D.模拟蛋白质与配体结合的动态过程

7.药物设计中，基于结构的药物设计（rationaldrugdesign）与传统药物设计的主要区别在于？

A.使用计算机模拟而非实验

B.依赖于蛋白质的三维结构信息

C.主要关注药物的代谢稳定性

D.只针对蛋白质靶点

8.下列哪个数据库是存储蛋白质序列和结构信息的主要公共资源？

A.GenBank

B.PDB(ProteinDataBank)

C.NCBI

D.EMBL

9.蛋白质功能预测中，识别蛋白质结合位点通常依据？

A.序列中的保守基序

B.蛋白质结构中的表面凹陷或口袋区域

C.蛋白质的一级结构相似性

D.蛋白质的高级结构对称性

10.计算生物学作为一门交叉学科，其主要特点不包括？

A.强调多学科知识的融合

B.依赖于大量的实验数据

C.广泛应用数学和计算机建模

D.主要关注单一学科的纯粹理论问题

二、填空题（请将答案填入横线上）

1.蛋白质的______结构是指蛋白质分子中氨基酸的线性序列。

2.基于物理的能量函数方法通过模拟蛋白质内部的______和______相互作用来预测其结构。

3.AlphaFold2模型利用了大量的______和______数据进行训练。

4.分子对接中，评估分子间结合亲和力的常用指标是______。

5.计算生物学的研究方法通常包括______、______和实验验证。

6.蛋白质结构预测中的同源建模依赖于目标蛋白质与已知结构蛋白质之间的______相似性。

7.将蛋白质结构信息整合到生物网络中进行分析，有助于理解______和______。

8.整合科学强调从______的角度理解和解决复杂的科学问题。

9.蛋白质结构预测领域的前沿进展主要体现在______和______方面。

10.生物信息学数据库为蛋白质结构预测和计算生物学研究提供了______和______支持。

三、简答题（请简洁明了地回答下列问题）

1.简述蛋白质结构预测中同源建模和从头预测（denovoprediction）的主要区别。

2.解释什么是分子对接，并简述其在药物设计中的应用流程。

3.描述深度学习模型在蛋白质结构预测中相比传统物理方法的优势。

4.说明在蛋白质结构预测项目中，如何评估预测结果的可靠性？

5.什么是整合科学？请结合蛋白质结构预测与计算生物学，举例说明其应用价值。

四、论述题（请全面深入地回答下列问题）

1.比较基于物理的能量函数方法和基于深度学习的蛋白质结构预测方法（如AlphaFold）的原理、优缺点以及目前的发展趋势。

2.论述蛋白质结构预测对于理解蛋白质功能、药物设计以及发展精准医疗的重要性。请结合具体实例说明。

3.随着计算能力的提升和算法的进步，蛋白质结构预测领域取得了哪些重大突破？这些突破对计算生物学