2025年大学《整合科学》专业题库—— 基因组大数据分析与动植物进化研究的关联.docxVIP

2025年大学《整合科学》专业题库——基因组大数据分析与动植物进化研究的关联

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、

简述高通量测序技术（如二代测序）的主要原理及其相比传统测序方法的优势。请结合动植物进化研究，说明该技术如何改变了我们对物种遗传多样性、系统发育关系及进化速率的认识。

二、

解释什么是分子系统发育树。比较基于性状的系统发育构建方法和基于分子序列的系统发育构建方法（如邻接法、最大似然法）的主要区别、原理及优缺点。举例说明在动植物进化研究中，哪种方法可能更适用，并说明理由。

三、

基因组大数据通常包含海量的变异位点信息。简述在进行大规模基因组数据分析（如构建系统发育树或进行群体遗传分析）前，对原始测序数据进行质量控制和过滤的必要性，并列举至少三种关键的质量控制步骤及其目的。

四、

线粒体DNA和叶绿体DNA因其母系/父系遗传特性及相对较快的进化速率，在动植物进化研究中具有重要应用价值。请分别说明线粒体DNA和叶绿体DNA在构建系统发育关系、推断物种分化时间及研究物种历史方面的独特优势。并各举一个实例说明其应用。

五、

适应性进化是动植物进化的重要驱动力。基因组大数据为研究适应性进化提供了强有力的工具。请简述利用基因组大数据检测适应性进化事件的常用方法（至少两种），并解释这些方法的基本原理。说明基因组数据中哪些信号可能指示发生了适应性进化。

六、

“整合科学”强调多学科、多数据源的融合。在动植物进化研究中，如何整合基因组大数据与其他类型的数据（如表型数据、化石记录、环境数据、地理分布数据）可以更全面、深入地理解进化过程？请举例说明整合不同数据类型进行研究时可能带来的优势。

七、

简述“分子钟”假说的基本思想及其在估算物种分化时间方面的应用。指出使用分子钟进行估算时可能遇到的主要挑战，并讨论如何利用现代基因组大数据和更复杂的进化模型来改进分子钟分析。

八、

假想你是一名整合科学家，需要研究一个物种群的快速辐射进化事件。请概述你会如何设计一个整合基因组大数据与其他相关信息的研究方案？你的研究方案将包含哪些关键步骤？你期望通过这个研究获得哪些关于该物种群进化历史的认识？

试卷答案

一、

高通量测序技术通过并行化处理大量DNA片段的测序，能够快速、高效地产生海量序列数据。其优势在于通量高、成本相对较低、可进行全基因组测序、能够捕获复杂序列结构等。在动植物进化研究中，该技术使得大规模样本测序成为可能，极大地丰富了遗传多样性数据。研究者可以利用这些数据构建更精确、包含更多物种的系统发育树，揭示物种间细微的进化关系；通过分析群体遗传结构，识别物种形成过程中的遗传隔离和基因流；利用基因组扫描或全基因组关联分析，定位与适应性进化相关的关键基因，从而深入理解物种对环境变化的适应机制。

二、

分子系统发育树是基于生物性状（包括形态、生理、行为、遗传序列等）的亲缘关系，使用系统发育学原理构建的树状图，表示不同物种或类群从共同祖先分化的历史。基于性状的系统发育构建方法主要依赖可测量的、具有进化意义的形态或行为等表型特征，传统方法如кладistics分析。基于分子序列的系统发育构建方法直接使用DNA、RNA或蛋白质序列作为性状数据，利用生物信息学算法计算序列间的相似性或差异性，进而构建进化树。主要区别在于数据类型（表型vs.分子序列）、特征测量方式（主观评估vs.客观计算）、对数据转换的依赖程度等。邻接法（Neighbor-Joining）基于距离矩阵，将最近邻的两个节点连接，逐步构建树；最大似然法（MaximumLikelihood）基于特定的进化模型，计算所有可能树的似然值，选择最可能反映真实进化历史的树。邻接法计算简单快速，适用于大规模数据，但对进化模型假设不敏感；最大似似然法理论上最严谨，能考虑多种模型和参数，结果更可靠，但计算量巨大。在动植物进化研究中，若存在可靠的化石证据或形态学数据支持，基于性状的方法可能更适用；若关注遗传层面的进化关系或缺乏可靠形态学数据，基于分子序列的方法（尤其是最大似然法）通常更优，因为序列数据能提供更精细的进化信号。

三、

大规模基因组数据分析前进行质量控制和过滤至关重要，因为原始测序数据往往包含大量低质量读长（如接头序列、引物序列、重复序列、随机错误）、缺失值和非特异性扩增产物，这些问题会干扰后续分析，降低结果的准确性和可靠性。关键的质量控制步骤及其目的包括：1）质量控制（QualityControl,QC）：使用工具（如FastQC）评估原始测序数据的质量分布（如碱基质量值、读取长度、N比例），识别低质量读长和位点。目的在于去除或降权低质量数据，提高后续分析的信噪比。2）过滤低质量读长和位点：根据预设的质量阈值（如Q30以下的碱基比例超过