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2025年大学《整合科学》专业题库——生物信息学在生态系统研究中的应用

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

考生注意：请仔细阅读以下各题，并根据要求作答。

1.请简述生物信息学在生态系统研究中的核心作用，并举例说明其在揭示生态系统功能或结构方面的应用价值。

2.在宏基因组学研究中，高通量测序技术产生了海量的序列数据。请阐述从原始测序数据到获得可靠物种或功能注释信息的主要生物信息学分析流程，并说明其中关键步骤的原理和意义。

3.基因表达谱分析是研究生态系统响应环境变化的重要手段。请描述如何利用生物信息学方法比较不同生态系统或不同处理条件下基因表达水平的差异，并讨论在分析过程中需要注意的关键统计问题。

4.蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络被认为是理解生态系统功能模块的重要工具。请解释构建生态系统PPI网络的常用方法，并说明如何利用网络拓扑学特征分析生态系统中关键功能模块或调控枢纽。

5.生态位模型是预测物种分布的重要工具，机器学习算法在其中扮演着关键角色。请比较两种或多种常用的机器学习算法（如支持向量机、随机森林等）在构建生态位模型时的优缺点，并说明选择特定算法时需要考虑的因素。

6.代谢组学提供了生态系统生物化学过程的快照。请简述利用生物信息学方法分析代谢组数据，以探究生态系统物质循环（如碳循环）或能量流动途径的基本思路，并举例说明其应用。

7.随着多组学技术的发展，整合不同类型的数据（如基因组、转录组、代谢组）成为理解复杂生态系统的新趋势。请讨论在整合多组学数据时面临的主要挑战，并提出至少两种应对策略。

8.基于你对生物信息学在生态系统研究应用的理解，设计一个研究方案，用于探究城市扩张对本地昆虫群落基因组多样性的影响。请描述该研究的主要目标、拟采用的关键生物信息学方法、数据收集与分析计划，并说明预期结果及其生态学意义。

试卷答案

1.答案：生物信息学通过开发和应用计算方法、算法、软件和数据库，处理、分析和解释生态系统中的大规模生物数据（如基因组、转录组、代谢组、物种群落数据等），从而揭示生态系统的组成、结构、功能、动态及其与环境相互作用机制。例如，利用宏基因组学分析土壤微生物群落的功能潜力，评估其对植物生长的影响；通过比较不同森林类型的光谱数据与遥感信息，构建生物量估算模型，揭示森林生态系统的结构特征。

解析思路：首先要回答生物信息学在生态系统中扮演的角色（工具和方法论），强调其处理大数据的能力。然后结合具体例子说明其应用价值，可以涉及物种组成、功能潜力、结构特征、动态变化或与环境的相互作用等不同方面，例子要能体现生物信息学方法的独特贡献。

2.答案：主要分析流程包括：数据质控（去除低质量读段、去除接头序列等）、序列比对（将读段比对到参考基因组或序列数据库如NCBInr数据库）、基因/转录本注释（识别基因组中的基因位置，并赋予功能注释）、差异表达分析（比较不同条件下基因/转录本的丰度差异，如使用DESeq2或edgeR）、功能富集分析（如GO或KEGG富集分析，判断差异表达基因主要参与的生物学过程或通路）。关键步骤的原理在于：质控保证数据质量；比对是将序列信息转化为生物学位置信息；注释是理解序列功能的关键；差异表达分析揭示条件间的生物学差异；功能富集分析从整体层面解释这些差异的生物学意义。

解析思路：要列出清晰的步骤，从数据输入到最终生物学解释。对每一步要简要说明其目的，并解释其背后的基本原理或所依据的生物学知识。强调从原始数据到生物学意义的转化过程。

3.答案：常用方法包括：数据预处理（质控、归一化）、差异表达分析（使用如DESeq2,edgeR,limma等R包进行统计检验，识别显著差异表达的基因）、火山图绘制（可视化差异表达结果）、多重检验校正（如Bonferroni或FDR校正，控制假发现率）、功能注释与通路富集分析（如GO,KEGG分析，理解差异表达基因的生物学功能）。需要注意的关键统计问题包括：样本量大小、数据分布的正态性、多重比较校正方法的选择、统计显著性（p值）与生物学意义的结合等。

解析思路：描述分析流程时，要涵盖从数据准备到统计分析和生物学解释的主要环节，并提及常用的软件或方法。重点在于解释如何通过统计方法比较差异，并强调在统计分析中必须注意的问题，特别是多重比较和结果解释的可靠性。

4.答案：构建生态系统PPI网络的方法主要有：从公共数据库（如STRING,BioGRID）获取已注释的PPI数据；基于实验数据（如酵母双杂交）构建；通过计算方法预测（如基于序列相似性、结构预测、表达谱关联等）。利用网络拓扑学特征分析包括：度分析（识别高连接度的节点，可能为关键